«МОДЕЛИРОВАНИЕ СВОЙСТВ ХИМИЧЕСКИХ СОЕДИНЕНИЙ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ИСКУССТВЕННЫХ НЕЙРОННЫХ СЕТЕЙ И ФРАГМЕНТНЫХ ДЕСКРИПТОРОВ ...»

7. Баскин И.И., Палюлин В.А., Любимова И.К., Абилев С.К., Зефиров Н.С. Количественная связь между мутагенной активностью гетероциклических аналогов пирена и фенантрена и их структурой. // Докл РАН. – 1994. - Т. 339, № 1. - С.

106-108.

8. Баскин И.И., Скворцова М.И., Станкевич И.В., Зефиров Н.С. О базисе инвариантов помеченных молекулярных графов. // Докл. РАН. – 1994. - Т. 339, № 3. С. 346-350.

9. Baskin I.I., Skvortsova M.I., Stankevich I.V., Zefirov N.S. On basis of invariants of labeled molecular graphs. // J. Chem. Inf. Comput. Sci. – 1995. - Vol. 35, № 3. - P.

527-531.

10. Сидорова А.В., Баскин И.И., Палюлин В.А., Петелин Д.Е., Зефиров Н.С. Исследование зависимостей между структурой и октановыми числами углеводородов. // Докл. РАН. – 1996. - Т. 350, № 5. - С. 642-646.

11. Баскин И.И., Айт А.О., Гальберштам Н.М., Палюлин В.А., Алфимов М.В., Зефиров Н.С. Применение методологии искусственных нейронных сетей для прогнозирования свойств сложных молекулярных систем. Предсказание положения длинноволновой полосы поглощения симметричных цианиновых красителей. // Докл. РАН. – 1997. – Т. 357, № 1. – С. 57-59.

12. Баскин И.И., Гальберштам Н.М., Палюлин В.А., Зефиров Н.С. Компьютерная реализация искусственных нейронных сетей для решения задач по выявлению связи “структура-свойство”. // Информационные технологии. – 1997. - № 9. - C.

13. Баскин И.И., Палюлин В.А., Зефиров Н.С. Нейроматематика - будущее вычислительной химии. // Нейрокомпьютеры: разработка, применение. – 1997. - № 3С. 17-23.

14. Баскин И.И., Бузников Г.А., Кабанкин А.С., Ландау М.А., Лексина Л.А., Ордуханян А.А., Палюлин В.А., Зефиров Н.С. Компьютерное изучение зависимости между эмбриотоксичностью и структурами синтетических аналогов биогенных аминов. // Изв. РАН, Сер. биол. – 1997. - № 4. - С. 407-413.

15. Skvortsova M.I., Baskin I.I., Skvortsov L.A., Palyulin V.A., Zefirov N.S., Stankevich I.V. Chemical graphs and their basis invariants. // J. Mol. Struct. (Theochem). – 1999. - V. 466. - P. 211-217.

- 46 Баскин И.И., Палюлин В.А., Зефиров Н.С. Применение искусственных нейронных сетей в химических и биохимических исследованиях. // Вестн. Моск. ун-та.

Сер. 2. Химия. – 1999. - Т. 40, № 5. - С. 323-326.

17. Baskin, I.I.; Halberstam, N.M.; Mukhina, T.V.; Palyulin, V.A.; Zefirov, N.S. The Learned Symmetry Concept in Revealing Quantitative Structure-Activity Relationships with Artificial Neural Networks. // SAR and QSAR in Env. Res. – 2001. - Vol.

12. - P. 401-416.

18. Артеменко Н.В., Баскин И.И., Палюлин В.А., Зефиров Н.С. Прогнозирование физических свойств органических соединений при помощи искусственных нейронных сетей в рамках подструктурного подхода. // Докл. РАН. – 2001. - Т.

381, № 2. - С. 203-206.

19. Любимова И.К., Абилев С.К., Гальберштам Н.М., Баскин И.И., Палюлин В.А., Зефиров Н.С. Компьютерное предсказание мутагенной активности замещенных полициклических соединений. // Изв. РАН, Сер. биол. – 2001. - № 2. – С. 180Баскин И.И., Палюлин В.А., Зефиров Н.С. Прогнозирование энтальпий образования алифатических полинитросоединений. // Вестн. Моск. ун-та. Сер. 2. Химия. – 2001. - Т. 42, № 6. - С. 387-389.

21. Baskin I.I., Ait A.O., Halberstam N.M., Palyulin V.A., Zefirov N.S. An approach to the interpretation of backpropagation neural network models in QSAR studies. // SAR and QSAR in Env. Res. - 2002. - Vol. 13, № 1. - P. 35- 22. Halberstam N.M., Baskin I.I., Palyulin V.A., Zefurov N.S. Quantitative Structure – Conditions – Property Relationships Studies. Neural Network Modelling of Acid Hydrolysis of Esters. // Mendeleev Communications. – 2002. - Vol. 1, № 6. - P. 185Гальберштам Н.М., Баскин И.И., Палюлин В.А., Зефиров Н.С. Построение нейросетевых зависимостей структура-условия-свойство. Моделирование физикохимических свойств углеводородов. // Докл. РАН. – 2002. - Т. 384, № 2. - С.

202-205.

24. Гальберштам Н.М., Баскин И.И., Палюлин В.А., Зефиров Н.С. Нейронные сети как метод поиска зависимостей структура – свойство органических соединений. // Успехи химии. – 2003. - Т. 72, №7. – С. 706-727.

25. Артеменко Н.В., Баскин И.И., Палюлин В.А., Зефиров Н.С. Искусственные нейронные сети и фрагментный подход в прогнозировании физико-химических свойств органических соединений. // Изв. РАН, Сер. хим. - 2003. - № 1. - С. 19Жохова Н.И., Баскин И.И., Палюлин В.А., Зефиров А.Н., Зефиров Н.С. Расчет энтальпии сублимации методом QSPR с применением фрагментного подхода. // Журн. прикл. химии. - 2003. - Т. 76, № 12. - С. 1966-1970.

27. Жохова Н.И., Баскин И.И., Палюлин В.А., Зефиров А.Н., Зефиров Н.С. Фрагментные дескрипторы в QSAR: применение для расчета температуры вспышки.

// Изв. РАН, Сер. хим. – 2003. - №. 9. - С. 1787-1793.

- 47 Жохова Н.И., Баскин И.И., Палюлин В.А., Зефиров А.Н., Зефиров Н.С. Фрагментные дескрипторы в QSPR: применение для расчета поляризуемости молекул. // Изв. РАН, Сер. хим. – 2003. - № 5. - С. 1005-1009.

29. Жохова Н.И., Баскин И.И., Палюлин В.А., Зефиров А.Н., Зефиров Н.С. Фрагментные дескрипторы в QSPR: применение для расчета магнитной восприимчивости. // Журн. структ. химии. – 2004. - Т. 45, № 4. - С. 660-669.

30. Баскин И.И., Палюлин В.А., Зефиров Н.С. Применение искусственных нейронных сетей для прогнозирования свойств химических соединений. // Нейрокомпьютеры: разработка, применение. - 2005. - № 1-2. - С. 98-101.

31. Жохова Н.И., Баскин И.И., Палюлин В.А., Зефиров А.Н., Зефиров Н.С. Исследование сродства красителей к целлюлозному волокну в рамках фрагментарного подхода в QSPR. // Журн. прикл. химии. – 2005. - Т. 78, № 6. - С. 1034-1037.

32. Баскин И.И., Палюлин В.А., Зефиров Н.С. Многослойные персептроны в исследовании зависимостей «структура-свойство» для органических соединений.

// Рос. хим. ж. (Ж. Рос. хим. об-ва им. Д.И. Менделеева). – 2006. - Т. L, № 2. - С.

33. Иванова А.А., Баскин И.И., Палюлин В.А., Зефиров Н.С. Оценка значений констант ионизации для различных классов органических соединений с использованием фрагментного подхода к поиску зависимостей «структура-свойство». // Докл. РАН. – 2007. - Т. 413, № 6. - С. 766-770.

34. Жохова Н.И., Баскин И.И., Палюлин В.А., Зефиров А.Н., Зефиров Н.С. Фрагментные дескрипторы с «выделенными» атомами и их применение в исследованиях QSAR/QSPR. // Докл. РАН. – 2007. - Т. 417, № 5. - С. 639-641.

35. Varnek A., Kireeva N., Tetko I.V., Baskin I.I., Solov’ev V.P. Exhaustive QSPR Studies of Large Diverse Set of Ionic Liquids: How Accurately Can We Predict Melting Points? // J. Chem. Inf. Comput. Sci. – 2007. - Vol. 47, № 3. - P. 1111-1122.

36. Жохова Н.И., Палюлин В.А., Баскин И.И., Зефиров А.Н., Зефиров Н.С. Фрагментные дескрипторы в методе QSPR: применение для расчета энтальпии испарения органических соединений. // Журн. физ. химии. – 2007. - Т. 81, № 1. С. 15-18.

37. Жохова Н.И., Бобков Е.В., Баскин И.И., Палюлин В.А., Зефиров А.Н., Зефиров Н.С. Расчет стабильности комплексов органических соединений с циклодекстрином с помощью метода QSPR. // Вестн. Моск. ун-та. Сер. 2. Химия. – 2007. - Т. 48, № 5. - С. 329-332.

38. Baskin I., Varnek A. Building a chemical space based on fragment descriptors. // Comb. Chem. High Throughput Screening. – 2008. - Vol. 11, № 8. - P. 661-668.

39. Varnek A., Gaudin C., Marcou G., Baskin I., Pandey A.K., Tetko I.V. Inductive Transfer of Knowledge: Application of Multi-Task Learning and Feature Net Approaches to Model Tissue-Air Partition Coefficients. // J. Chem. Inf. Model. – 2009. Vol. 49, № 1. - P. 133-144.

40. Баскин И.И., Жохова Н.И., Палюлин В.А., Зефиров А.Н., Зефиров Н.С. Многоуровневый подход к прогнозированию свойств органических соединений в - 48 рамках методологии исследования количественных соотношений «структурасвойство/структура-активность». // Докл. РАН. – 2009. - Т. 427, № 3. - С. 335Главы в монографиях:

41. Baskin I.I., Palyulin V.A., Zefirov N.S. Chapter 8. Neural Networks in Building QSAR Models. // In: Artificial Neural Networks: Methods and Protocols / Livingstone D.S., Ed. – Humana Press, a part of Springer Science + Business Media. P. 139-160.

42. Baskin I.I., Varnek A. Chapter 1. Fragment Descriptors in SAR/QSAR/QSPR Studies, Molecular Similarity Analysis and in Virtual Screening. // In: Chemoinformatics Approaches to Virtual Screening / Varnek A., Tropsha A., Ed. – RCS Publishing. P. 1-43.

Статьи в рецензируемых журналах:

43. Baskin I.I., Skvortsova M.I., Palyulin V.A., Zefirov N.S. Quantitative chemical structure – property/activity relationship studies using artificial neural networks. // Foundations of Computing and Decision Sciences. - 1997. - Vol. 22, № 2. – P. 107-116.

Статьи в сборниках:

44. Palyulin V.A., Baskin I.I., Petelin D.E., Zefirov N.S. Novel descriptors of molecular structure in QSAR and QSPR studies. // QSAR and Molecular Modelling: Concepts, Computational Tools and Biological Applications. - Barcelona: Prous Science Publishers. – 1995. - P. 51-52.

45. Baskin I.I., Palyulin V.A., Zefirov N.S. NASA. A computer program for performing QSAR/QSPR studies using artificial neural networks. // QSAR and Molecular Modelling: Concepts, Computational Tools and Biological Applications. - Barcelona: Prous Science Publishers. – 1995. - P. 30-31.

46. Zefirov N.S., Baskin I.I., Halberstam N.M., Palyulin V.A. Artificial Neural Networks Oriented for the Chemical Structure-Property Relationship Modelling. // EUFIT’ 5th European Congress on Intelligent Techniques & Soft Computing. Book of Abstracts. – 1997. – V. 1. – P.552-556.

47. Баскин И.И., Палюлин В.А., Зефиров Н.С. Применение искусственных нейронных сетей в химических и биохимических исследованиях. // V Всероссийская конференция «Нейрокомпьютеры и их применение». Москва, 17-19 февраля 1999 г. Сборник докладов. - С. 28-31.

48. Baskin I.I., Keshtova S.V., Palyulin V.A., Zefirov N.S. Combining Molecular Modelling with the Use of Artificial Neural Networks as an Approach to Predict Substituent Constants and Bioactivity. // Molecular Modeling and Prediction of Bioactivity;

K. Gundertofte; F.S. Jorgensen, Eds. - Klumer Academic / Plenum Publishers: New York, Boston, Dordrecht, London, Moscow. – 2000. - P. 468-469.

- 49 Гальберштам Н.М., Баскин И.И., Палюлин В.А., Зефиров Н.С. Прогнозирование констант скоростей реакций кислотного гидролиза сложных эфиров с использованием искусственных нейронных сетей. // Труды VII Всероссийской конференции «Нейрокомпьютеры и их применение». НКП-2001 с международным участием.- Москва. – 2001. – С. 423-424.

50. Баскин И.И., Палюлин В.А., Зефиров Н.С. Нейрокомпьютеры и геном человека.

// Труды VII Всероссийской конференции «Нейрокомпьютеры и их применение». НКП-2001 с международным участием. Москва, 14-16 февраля 2001 г. – Москва. - C. 13-16.

51. Баскин И.И., Гальберштам Н.М., Палюлин В.А., Зефиров Н.С. NASAWIN – программный комплекс для изучения соотношений структура-свойство в химии. // Труды VII Всероссийской конференции «Нейрокомпьютеры и их применение». НКП-2001 с международным участием. Москва. – 2001. – С. 419-422.

52. Артеменко Н.В., Баскин И.И., Гальберштам Н.М., Палюлин В.А., Зефиров Н.С.

Прогнозирование физических свойств органических соединений при помощи нейронных сетей в рамках подструктурного подхода. // Труды VII Всероссийской конференции «Нейрокомпьютеры и их применение» НКП-2001 с международным участием. – Москва. – 2001. - С. 414-418.

53. Айт А.О., Баскин И.И., Гальберштам Н.М. Прогнозирование физикохимических свойств симметричных цианиновых красителей с использованием методологии искусственных нейронных сетей. // Труды VII Всероссийской конференции «Нейрокомпьютеры и их применение». НКП-2001 с международным участием. - Москва. – 2001. – С. 411-413.

54. Baskin I.I., Halberstam N.M., Artemenko N.V., Palyulin V.A., Zefirov N.S. NASAWIN – a universal software for QSPR/QSAR studies. // EuroQSAR 2002 Designing Drugs and Crop Protectants: processes, problems and solutions / Eds., M.Ford et al. - Blackwell Publishing. – 2003. - P. 260-263.