«Вестник Академии ДНК-генеалогии Proceedings of the Academy of DNA Genealogy Boston-Moscow-Tsukuba Volume 5, No. 7 July 2012 Академия ДНК-генеалогии Boston-Moscow-Tsukuba ISSN 1942-7484 Вестник Академии ДНК-генеалогии. ...»

29. The Scytho-Iranian Theory has a real problem with the Scythian pantheon and rituals. The Indo-Iranian/Scythian parallels wonder wildly, and etymology either gets lost, or defaults to the Trkic-based terms. In contrast, the Trkic etymology is direct and transparent: 3000 years later, Papai is still a forbearer, and Ar (Ares in Greek) is still a man and a warrior. The ritual of paying homage to Ares with a sword as a symbol is recorded for the Scythians, Eastern Huns (Yin Han Shu, story about pilgrimage to the ancestors to the Yung Yang mountain, ching-lu sword, and ritual drinking the blood-wine mixture from the cup made of the skull of the Tokharian king), and for the Atilla's Western Huns. The tradition of making ritual drinking cup of enemy's royal head is consecutively noted for the Scythians, Huns, Bulgars, Kangars, and other Trkic tribes. Ditto for the ritual of sacred oath, where both participants partake to drink jointly the bloody mix from the cup, cheek to cheek, for Scythians it is depicted on ceramics and described verbally, for the other Trkic players it is recorded in the chronicles. None of the veneration of ancestors, sword as a symbol, drinking cup of crania, or oath by joint drinking blood mix from such cup was recorded for the Indo-Iranians.

30. The Scytho-Iranian Theory has a real problem explaining how at least Trkic nations west of Altai mountains inherited the Scythian myth “Sons of blind” recorded by Herodotus, and developed into at least 20 versions of the myth recorded at numerous Trkic people and their subdivisions in the dastans (poems, frequently musical and oratorical) under the same name, “Kerogly”.

Although in the past 2700 years the story blossomed with different flowery details, various scenery, and a spectrum of eponymic heroes, the core of the story remains exactly as was relayed by Herodotus in the 5th c. BC: the nomadic conquerors blind the vanquished men and force them to slave caring for their horses; the sons of the conquered blind raise in revolt; rebellion takes a global character; in the head of the uprising fights the “Son of blind”, called “Kerogly” in the Trkic legends; the victorious rebels marry wives and daughters of the vanquished Scythians, in the Trkic legends of the various oppressors.

In 1937, 12 years before the Scythians were officially decreed to become Iranians, in Moscow was staged an opera “Kerogly” by Uzeir Abdul Gusein Ogly Gadjibekov, attended by then USA ambassador to the USSR J.E. Davies. The plot of the opera was captioned in his memoirs: “opera “The sons of a blind man”. It was the characteristic story of the oppression of the people by the ruling Khan, who destroyed the sight of his Master of the Horse because he did not get him a horse that he desired and the vengeance of the son, who became a bandit leader of the people. The performance was very interesting and unique.” [Joseph E.

Davies, 1941, “Mission to Moscow”, p.317]. It is superfluous to state that neither Ossetians (other than the Balkarians and Karachais), nor Indo-Iranians, nor any Brahmans have a “Sons of blind” myth on their books that they pass on to their posterity and disseminate among other Iranic people as flowery poems or operas.

31. In the arena of politicized history, some consequences of the Scytho-Iranian Theory lead to a circus-like comedy situations. Take Ossettes, a textbook example of a scientific folly. In Trkic, yass is “flat”, alan/ala is “flat (location)”, alan yaz is “plains” [H-M. Yiliuf, 2008, “Origin of Some Ethnonyms (Kirgiz, Kazak, Circassian, Alan, Yas, Kaytak, Kaysak, Alash, Khakas, Walach, Roma, Dungan)”, Semey, Republic of Kazakhstan, ISBN 9965-13-699-8], the Georgian term “Ovs” had no linguistic or ethnological meaning that we know of, the term was applied to the nomadic tribes north of Georgia, it was a geographical definition for hate-and-love neighbors, whose name in Trkic was Yass/Assi “flat”, and Taulu “of upland, of plateau”, i.e. “mountaineers”.

The Russian conquest early in the 19th c. (Digoria, the present North Ossetia, was occupied in 1767, Balkaria in 1828) captured the N.Caucasus lands with numerous ethnic names, including the people Digors (politically in Northern Ossetia), Irons (politically in Southern Ossetia), and Taulases (Tawlases/ Tavlases, self-name Tuallg, Trkic Tawlu ”mountaineer”, politically in Southern Ossetia), whom the Russian military administration, with all the military decisiveness and intellectuality, at first termed Tatars. During the Russian conquest, a Russian military report of 1834 called Karachais and Balkars the ”Ossetian tribes”. Then territory was subdivided into military districts and one of them was termed Osset. Not the Balkars and Karachais with their self-name Ases (Balkars - Ases, Karachais - Kara Ases/Harase = Black Ases), but their neighboring tribes were assigned their ethnonym.

It took generations and repeated registration and passportization to induce people to get used to the new politonym, and now each Ossette has 2 or even ethnonyms, with the latest addition of the Northern and Southern Ossetias.

Meanwhile, the Iron Ossetes continue to call their Trkic Balkar neighbors Ases, and Karachais - Ghara-Ases). Thus, neither Irons, nor Digors, nor Taulases call themselves Ases, it is their name for the neighboring peoples. The Balkars hold themselves to be Ases, their substrate self-appellation is Alan, they do not use the term Ases for Ossetes, or Irons, or Digors, or Taulases,.

In Trkic, the Tauly Ases are Mountain Ases, they were the closest neighbors to the Georgians, and gave their name to the Georgian term “Ovs”. Ases were a dynastic tribe of the As-Tokhar confederation, and As was an ethnonym of the ruling tribe and politonym for all other members of the confederation. But after the Russian military blunder of naming Ossetes after the once-dominant BalkarsAses, now the Ossetes became Ases themselves, and claim the legacy of Alans.

The absurdity made a full half-circle, without the Trkic Balkars-Ases, the Ossetes would not have their given appellation.

Take Azeris, whose name is a calque of As-kiji and As-guzes, following another Trkic naming convention for naming the tribes: As-eri is As People.

Historically, a southern group of the Ashguzai Scythians settled in the immense foothill valley south of the Caucasus. Their land gained a name Sakastan, Sestan, Seistan, and the like. They remained there ever since, keeping their ethnonym Azeri for two and a half millennia, that's how they were known to all their neighbors, including the Achaemenids, Parthians, Persians, and Arabs. Ibn Hawkal (traveled 943-969, written in 977) reported that in Caucasus are two lingua franca, Azeri and Persian; that was more than two centuries before the Mongol invasion and the alleged Turkification of the Azeris. For exactly the same reasons two powers, one in the north, and the other in the south, ventured to falsify for their own empire-building ambitions the history of the Azeri people, de-“ancientize” their history, steal and re-manufacture Azeri ethnicity and history, and in the process pauperize their own histories. The absurdity caused by the Scytho-Iranian Theory made a full half-circle.

32. The Iranian/Ossetian Scythian theory has all the traits of a politically correct theory. It is built on a thinnest foundation of an obscure language, is not supported by the evidence, and does not provide a foresight connected with what is usually called a scientific theory. Some evidence, like the infamous Zelenchuk inscription, has all traits of a purposeful fabrication: not only there is no trace of either the monument, nor of the cemetery claimed by the author of the theory, but the published inscription was successfully read in four languages belonging to three separate linguistic families, a sure sign of certain nonsense. The cultural heritage, traceable for millennia among other peoples of the world, has not been shown to display links between the Ossetian, Pashtu, or other Iranian-speaking peoples, and the details of the Scythian life described by the ancient writers.

No traces specific to the Scythian nomadism of the historical period found their parallels in the historically attested Indo-European societies. It is well shown in the work of a prominent expert on nomadism A. Khazanov {A. Khazanov, “Nomads and the Outside World”, Cambridge University Press, 1984]. A.

Khazanov noted a telling detail on the meaning of the kurgans: the fill of the tested kurgans was of the best humus transported over great distances, in incredible quantities for large kurgans. A. Khazanov interpreted that as the Scythian kurgans representing pasture, the deceased were given not only horses for travel, but were also supplied with a symbolic pasture for the horses. Every nomad knew that a well-fed horse was a necessary condition for a successful enterprise, and what could be more important than the travel to Tengri for reincarnation. As often happens, later generations are unaware of the reasons for their rites, and probably the modern followers of the Kurgan tradition do not have a clue on why they are building kurgans. Naturally, the historical IndoIranians did not built pastures for their deceased, for them kurgan was an alien and weird custom.

Conclusion Each presented argument may be infinitely extended to ever smaller incongruent details and traits, the arguments may be disputed, reinterpreted, or skillfully explained away, but the compound picture created by the preponderance of the multi-disciplinary evidence can't be dismissed. As a theory, the Scytho-OssetoIranian Theory has utterly failed, it is unable to explain the past, and is unable to predict the future discoveries, or even to advise on the perspective directions for research.

The de-facto rejection of the Scytho-Osseto-Iranian Theory is happening in front of our eyes with publication of studies that penetrate deeper into the substance of the facts, bringing up new and newer controversies and conflicts with the scummy Theory. The “consensus” opinion in favor of the Iranian paradigm is not really there, with only the IE portion of the global science lagging somewhat behind in adjusting to reality, probably because of the embarrassing vested mass of the past IE efforts and publications. Fortunately, re-evaluation or abandoning of the Iranian paradigm promises to be a boon to the major parties involved, that of Russia, China, Iran, and India, even though the last does not carry a burden of colonial and empire-building aspirations anyway; they will be able to recover their history in a more multi-color, richer, and open fashion, giving credit where the credit is due, and immensely enriching the narrative of their brilliant national histories.

For the historical period, efforts to negate the eyewitness accounts of the contemporaries over and over again bring nothing but failures. Every effort to negate evidence leads to the opposite, a raise of additional, usually independent, corroborating evidence. The evolutionary contiguities between the archeological and literary Scythians and the Trkic people are unmistakable, while in the Scytho-Osseto-Iranian Theory the descendance consist of few dots bridged by gaping disconnects. The cleanest method to follow the Scytho-Osseto-Iranian Theory is to monitor the operation of the “Lord of the gaps” that mysteriously fills evidentiary gaps with notional testimonials, otherwise called speculative interpretations.

M. Gimbutas artfully reconstructed the IE mythology, religion, and gender relations in the context of the IE's westward kurgan migrations, riding the “Lord of the gaps” to construct the most popular IE creationist story, the so called “mainstream consensus”. The Lord did hold its supremacy until the moment of truth, when it encountered the earthly facts: M. Gimbutas confused the eastward movement of the IE's with the much prior westward movement of the Kurgan people, with the two movements separated in time by a whooping millennium and then some. Her conflation let the “Lord of the gaps” loose, but once the gaps are filled with the reproducible mundane evidence, the interpretive arches bridging the gaps collapse in a house of cards fashion.

The tell-tale indicators show up at the first glance at the evidentiary references.

The staunchest proponents of the Indo-European paradigm immediately stumble into problems as soon as they leave the sphere of airy constructions and descend to the earthly world. To avoid invoking the ubiquitous Eurasian Trkic sea, the sneakiest proponents turn to the ethnology of Mongols and Chingiz-Khan, the others use Trkic ethnological parallels, in clear manifestation of the lack of the IE examples, independently of the trait on hand: be it yurts, kurgans, burial rituals, mounted warriors, horseflesh, kumis, all kinds of artifacts, myths and legends, genealogical lines, etc.; one way or another they all default to the Trkic examples.

In case of Mongol and Chingiz-Khan detour, the purity of example is solely terminological, the Proto-Mongols foot hunters Dunhu were associated with the Trkic ethnos ever since they were subjugated by the Hunnic Maodun in ca BC; some Trkic tribes from the old were called Mongols after in 93 BC half-amillion Huns submitted to the Syanbi Mongol minority and adopted the Mongolic name Syanbi. They continued their unimpacted daily life under the Syanbi politonym, and largely preserved their distinction until the conquest of the Oirat Mongols in the 15th c.

Similarly compromised are the Chingiz-Khan examples, his genealogy ascends to the Tele Uigur dynastic tribe Yaglakar, which became Jalayir in Mongolic, an offshoot of which was the Chingiz-Khan's Borjigin line. The Mongolic examples may confuse only uninitiated, ethnologically they do not extend deeper than the 13th c. for the term “Mongol”, and 200 BC for the term “Syanbi”.

It remains unknown whether any Iranian-speaking tribes ever took to systematic, Scythian-style horse husbandry nomadism. In the course of millennia, numerous foot hunter societies did that, becoming bona fide horse nomads, but examples of sedentary agriculturists becoming transhumant nomads on a tribal level are known only from the archeological observations, evidenced by the “pots that do not talk”. Any evidence that notable masses of peasant people from agricultural societies abandoned their fields, switched to nomadic animal husbandry, and left any documentary evidence on their linguistic affiliation is yet to come to light. In contrast, there is plenty of opposing evidence, that peoples that neighbored horse nomads decisively did not do that: no ethnically Chinese, Indian, Sogdian, Dravidian, Greek, Slavic, or originally Iranic nomads are known from the Classical or later periods. We have the examples of Dunhu, Magyars, and Tibetans becoming nomadic pastoralists, but the type of their original economy is not positively known.

Archaeological, mythological and biogeographic analysis, re-evaluation after remarkable excavations at Trkmenistan Gnr Tepe and others

Abstract

Who are the Sumerians? Where have they originated? For those, who are closely familiar with this remarkable resourceful and intelligent people in all human history, who not only invented the writing but also established the true mythological foundations of all main religions of the world, simply they taught us almost everything.

Four different points evaluated separately on the current known archaeological evidences and the Sumerian’s known unique and strong sacred LAPIS LAZULI stone related mythological believes and ‘the myth's origination’ is analyzed. The strong point is: the uniqueness of the Lapis Mine location in all ancient history at the Hindu Kush Mountains and again the unique (fingerprint) trace element and other physical characteristics of this Metamorphic Sacred Blue Stone of Sumerians.

Only possible and provable location of their Original Homeland, based on the analysis could be in between the Caspian Sea and Hindu Kush Mountains and Kopet Mountains, which is Turkmenistan. This analysis and conclusion is based on multiple independent factors: current archaeological excavations, uniqueness of Metamorphic Lapis Lazuli as a stone and its over 6000 years of fixed mining location, absolute necessary requirements for the origination of strong Lapis Mythology, current solid Biogeographic DNA evidence and distribution of R1b Haplogroup of ‘Arbins’ as recently described by Dr. Anatole A. Klyosov.

The Sumerians maiden migration presumably started with the persistent drought at their Original Homeland which eventually forced them to abandon their ancient homeland and to migrate and resettle at the southern fertile lands of Middle East between Tigris and Euphrates rivers and eventually further south to the banks of Nile River in North East Africa.

The recent remarkable excavations at the ancient river settlements north of Kopet Mountains of Turkmenistan and the so called Margiana not only revealed an advanced civilization in Neolithic and Bronze age (Harris, 1996; Sarianidi, 1994, 1995) but also helped to answer the question - Who are the Sumerians? The first ever known agricultural Neolithic settlements in the Murgab River delta of Turkmenistan appeared as early as the 7th millennium BC.

For those, who are closely familiar with this remarkable resourceful and intelligent people called Sumerians in all human history, who not only invented the writing but also established the true mythological foundations of all main religions of the world today, simply they taught us almost everything (Kramer, 1963).

The linguistic scholars of all nations attempted to associate with the Sumerians' cuneiform ancient language, however, they agreed on almost nothing, however, they all accept that it is an extinct agglutinative language (Michalowski, 2006), it is not Indo-European or Semitic language. So, never ending arguments continued to our time, everybody wanted to belong to or associated with them one way or other, or at least they wanted to prevent others to associate with them if they cannot associate with themselves.

For the last 20-30 years of archaeological excavations and publications, especially the color pictures of the findings with rapid diffusion of information through the remarkable Internet revolution of our time, made this privileged and closely guarded information of archaeologically excavated items available to all, the judgment and biases of the original excavators exposed and criticized very quickly by all, whoever interested with the subject matter one way or other.

So the monopoly and the secrecy of the information does not exist in our world of 21st century anymore as we know very well. When I had read the wonderful 100 pages of research paper a PhD Thesis published by Allessandro Re (2011) titled “The Ion and Electron Microscopy for the Characterization of Materials of Archaeological, historical and artistic interest: DETERMINATION OF THE PROVENANCE OF LAPIS LAZULI USED FOR GLYPTIC”, my long interest to find a thoroughly scientific answer to the question of “Who are these Sumerians?” was also answered, because I knew then my early assumptions have the proof finally. The bio-geographical mDNA or autosomal or Y- DNA of population methods that had been used successfully with the human mtDNA (Achilli et al, 2007) and cow genome (Bos Taurus) (Pellecchia M., 2007) in order to prove the Anatolian origin of Etruscans can not be used as easily as for the Sumerians. This is because of a longer time frame with dilution and wide distribution of original mutations and its subclades with migrations and lack of 'relative isolation' over significantly long time period. Therefore, it is not that easy to pinpoint certain geographic location with only Biogeographic approach for The Origin of Sumerian Civilizations early beginnings. Dr. Anatole A.

Klyosov has had published excellent fundamental Biogeographic studies one after another (2012) which is no doubt destined to be the guiding foundation for further revelations of our common ancient human history in coming years in the future. According to his studies, the origin of Y- haplogroup R1b mutation arose 16,000 ybp which was the beginning of ancient common ancestor's offspring's which Dr. Anatole A. Klyosov calls as 'Arbins' bearers of R1b haplogroup. R1b presumed to be originated in South Siberia/Central Asia in the east. So we are talking about 8-10,000 years of migration and shuffling and regrouping since the origination of mutation R1b haplogroup of 'Arbins' and their subclades.

Sumerians obviously and clearly belonged to R1b haplogroup. With the emergence of Neolithic agricultural societies and permanent different settlements and interactions and specializations in throughout Central Asia 'Original Sumerian Homeland ' was one of the Arbins regrouping throughout this long 8-10,000 years of history, prior to climate change forced them for the maiden migrations and resettlements to the southern fertile lands of Middle East between Tigris and Euphrates rivers and so called 'fertile crescent' around BC, and eventually further south to the banks of Nile River in North East Africa.

So we have to use the most logical and scientific approach possible in order to solve the problem of 'Where is the original Homeland of Sumerian Civilization located?' prior to their maiden migration, which clearly requires Multiple Independent Factor Analysis (Multivariate analysis) to the solution and final conclusion to the problem. Analogy for this method of analysis can be made as it is clearly used at CERN by over 5000 PhDs for their announcement of discovery of ‘a’ new Higgs Boson with so called 'combined standard deviation' of different independent channels of data of 4,9 sigma (less than required 5,9 for absolute certainty) which was 99.99997 certainty that they found 'a' new Higgs Boson.

For the ‘combined approach‘ The Sumerians had four different and very unique independent characteristics that I had noticed over the years other than obviously unsolvable Linguistic cuneiform puzzle of 5000 years of human history.

First one was their obsession with their Sacred Blue Metamorphic Stone the "Lapis Lazuli". In order to understand the scientific concepts behind the final conclusion of this assay, for the main question of “where did the Sumerians originated from?”, one has to read 100 pages of excellent research article of Alessandro Re (2011) available at the link:

http://dottorato.ph.unito.it/Studenti/Tesi/XXIII/re.pdf In order to comprehend the concept of Sumerian origination one has to know where in our planet this Blue Metamorphic Stone is mined and where did the Sumerians got it from. And one has to understand that this Blue Metamorphic Stone has unique fingerprint of trace elements of its own location of creation on our planet, since every mine has different fingerprint of trace elements ratios. If anybody challenges that the Lapis Lazuli of Sumerians is somewhere else other than the Sar- e- Sangh mines of Hindu Kush mountains East of Turkmenistan where Gnr Tepe and other Neolithic and Bronze age settlements are, it can easily be proven that the famous Standard of UR of Sumerians at the British Museum's LAPIS LAZULI is actually mined from the Hindu Kush Mountains at Sar e Sang Lapis Mines in Badakhshan, Afghanistan but nowhere else (Moorey, 1999). Because that metamorphic blue stone has a unique fingerprint (Re, 2011), it provides a similar ' analogy' like mDNA or Y-DNA of a human genome.

The second unique characteristic of Sumerians is their rather unusual and unique mythological believes which is very obvious with their lapis lazuli related archaeological findings and currently translated and well known Gilgamesh Epic that they believed their godly mythological characters live in LAPIS LAZULI PALACES, the SUN, the MOON and the VENUS rise up from their lapis lazuli palaces every day to travel the sky and go back to their palaces at night. We can easily see all archaeological remains of Sumerians the Dominance of Lapis Mythology (LAPIS HAVEN=SKY) but nothing else (Kramer, 1998). When you read the mineralogical characteristics of Lapis Lazuli you understand why Sumerians thought that the Color of this Blue Stone was not only the same color as the sky but also has certain features like yellow pyrite (FeS2) mineral, so called "fools gold" which resembles Celestial objects (stars) in the sky, and the white marble lines resembles the clouds in the sky.

The third and the final answer to the puzzle of “Who are the Sumerians?” requires the knowledge of Mythological Origination History, in other words how are the mythologies are created throughout human history, what are the necessary "factors" required in order to create a Powerful belief (myth) which will endure generation after generation once it is created ( Campbell, 1988). Very specifically, the question "How come the Sumerians associated and adopted the Lapis Lazuli stone as Sacred” is associated with the original Shamanistic believes of Celestial objects of Sky God concept (The Sun, The Moon and the Venus) of Central Asia's original nomads, "the wanderers of steps" to the settled civilized agricultural and domesticated animal life dominant society. There is no question that the Godly Celestial Objects they have believed thousands of years are associated with the Lapis Lazuli rather than the Lapis Lazuli associate with the Celestial Objects. In other words "the people have to see with their own eyes the miracle" that their Sacred Celestial Objects are "rising from" the top of the mountains where the Lapis Lazuli Mines located (Blue Metamorphic Stone looks like the Sky with yellow pyrite and white marble lines of clouds).

When people see the celestial objects rising each morning and each night from the east, the Sacred objects are presumed to have human like life throughout human history, and they should have their own house (Palace) of their own to rest and sleep after traveling and getting tired throughout the day. The presumption of God and Godly figures in human image and humanly needs had been the dominant feature throughout human history. So the Original Sumerians associated the Lapis Mines of Hindu Kush Mountains with the Celestial Objects of The Sun, The Moon and the Venus, because they simply saw them rising behind the Lapis Mined Mountain tops (their lapis lazuli palaces) (Campbell, 1988).

The conclusion is obvious; since the location of the lapis mines is unique so the "People should be unique" also, and the only People can have Mythology associated with the LAPIS LAZULI should be living generation after generation at the west of the Lapis Lazuli mines (they should see the Lapis Mines from the East side…!) so the sacred celestial objects will rise from their palaces at the East.

So the answer is Gnr Tepe and similar Neolithic and Bronze age settlements of Turkmenistan. This is the original homelands of Sumerians before their ultimate migration to Mesopotamia for better climate and living.

And the archaeological artifacts very similar culture and traditions of these people and most importantly geological evidences of already well documented climate change around 4000 BC Holocene Maximum (Paleoclimatology, 2012) in this region and ultimately the mass migration and abandonment of their settlements at and around Gnr Tepe Turkmenistan only further supports this very logical proof of origin of Sumerians (Hiebert, 2003).

The fourth one is obviously the icing on the cake: the cultural similarities of Sumerians with so called Margiana people of Turkmenistan, classically summarized as follows (Guisepi, 1980):

The Sumerian civilization was established before 4000 BC and reached a high level of culture between 2700 and 2350 BC. In early times both sexes wore sheepskin skirts with the skin turned inside and the wool combed into decorative tufts. These wraparound skirts were pinned in place and extended from the waist to the knees or, for more important persons, to the ankles. The upper part of the torso was bare or clothed by another sheepskin cloaking the shoulders. From about 2500 BC a woven woolen fabric replaced the sheepskin, but the tufted effect was retained, either by sewing tufts onto the garment or by weaving loops into the fabric.

Named KAUNAKES by the Greeks, this tufted fabric is shown in all the sculptures and mosaics of the period, as, for example, in the art from the excavations at Ur exhibited in the British Museum in London. At this time, also, long cloaks were worn, and materials for garments and head coverings included felted wool and leather. Men were generally clean-shaven. Both sexes seem to have often worn large wigs, as in ancient Egypt."

Supportive visual evidence: The Power Point MP4 Video Presentation - The origin of Sumerians - archaeological and mythological evidences at the link http://www.youtube.com/watch?v=l_jG-O_94TU&feature=youtu.be

References

Achilli, A., Olivieri, A., Pala, M et al (2007) Mitochondrial DNA variation of modern Tuscans supports the near eastern origin of Etruscans. Am J Hum Genet 80: 759– 768.

Campbell, J. (1949) “The Hero with a Thousand Faces”. Princeton University Press. ISBN 978-1-57731-593- Campbell, J. (1988) Joseph Campbell and the Power of Myth. Interviews by Bill Moyers. ISBN 3885247745, Doubleday & Co.

Hiebert, F. T. (2003) Central Asian village at the dawn of Civilization, Excavation at Anau,Trkmenistan. ISBN 1-931707-50- Guisepi, R.A., Willis, R. Ancient Sumeria. The University of California 1980- http://history-world.org/sumeria,%20dress.htm Harris, D.R., Gosden, C., Jeitun, M.P.C. (1996) Recent excavations at an early Neolithic site in Southern Turkmenistan, Proceedings of the Prehistoric Society, 62, 423-442.

Klyosov, A.A. (2012) Ancient History of Arbins, Bearers of Haplogroup R1b, from Central Asia to Europe, 16,000 to 1500 Years before Present. Advances in Anthropology, 2, No.2, 49-56. (http://www.SciRP.org/journal/aa) DOI:10.4236/aa.2012. Kramer, S.N. (1963). The Sumerians: Their History, Culture and Character.

University of Chicago Press. ISBN 0-226-45238-7.

Kramer, S. N. (1998) Sumerian Mythology: a Study of Spiritual and Literary Achievement in the Third Millennium B.C. Philadelphia: University of Pennsylvania Press. ISBN 10: 0812210476/0-8122-1047- Michalowski, P. (2006) The Lives of the Sumerian Language, in S.L. Sanders (ed.), Margins of Writing, Origins of Cultures, Chicago, 159-184.

Moorey, P. R. (1999). Ancient Mesopotamian Materials and Industries: the Archaeological Evidence. Eisenbrauns. pp. 86–87. ISBN 978-1-57506-042-2.

Paleoclimatology (2012), Study of Ancient Climates http://www.lakepowell.net/sciencecenter/paleoclimate.htm Pumpelly, R. (1908). Explorations in Turkestan EXPEDITION OF Prehistoric civilizations of ANAU http://gwdspace.wrlc.org:8180/xmlui/handle/38989/c01gr167k59p Pellecchia, M., Negrini, R., Colli, L. et al (2007) The mystery of Etruscan origins: novel clues from Bos taurus mitochondrial DNA. Proc Biol. Sci 274:

1175– 1179.

Re, A. (2011) PhD Thesis http://dottorato.ph.unito.it/Studenti/Tesi/XXIII/re.pdf Sarianidi, V. I. (1994) "Preface". In Hiebert, F. T. Origins of the Bronze Age Oasis Civilization of Central Asia. Cambridge: Harvard University Press. ISBN 0-87365-545-1.

Sarianidi, V. I. (1995) Soviet Excavations in Bactria: The Bronze Age. In Ligabue, G. Salvatori, S et al. Bactria: An ancient oasis civilization from the sands of Afghanistan. Venice: Erizzo. ISBN 88-7077-025-7.

Меня, признаться, огорчила публикация безапелляционных, грубых, неуважительных высказываний в мой адрес археолога г-на Кончи, который самоназвался лингвистом. Он даже не потрудился прочитать мою статью и сравнить её со своей.

В науке принято обоснованно (естественно, с точки зрения оппонента) критиковать научные работы и исследования коллег. Необоснованная, голая, оскорбительная «критика» не является таковой. Это пошлое критиканство, на которое можно ответить только в том же тоне – оголтелой руганью. От этого я воздержусь.

Вот, например, настоящий профессиональный лингвист А. И. Фалилеев в статье «Лингвистическая атрибуция носителей культуры Триполье/Кукутень. О доверии к лингвистическим построениям археологов» пишет о «теориях», распространяемых С. Кончей: «Иное построение мы находим в недавнем докладе С. В. Конча (Конча 2008: 58-59) языковые предки кельто-италов со значительной вероятностью локализуются для этого времени [III-II тыс. до н. э. - А. Ф.] в областях, прилегающих к Верхнему и Среднему Дунаю». Автор доклада пытается выступить в пользу старой гипотезы (П. Кречмер) о «доисторическом арийско-итало-кельтском контакте» и ссылается при этом на категорически устаревшие исследования (Вандриес, Барроу, Калыгин, Королёв). Судя по всему, современная литература, анализирующая индо-ирано-кельтскую проблематику (К. Х. Шмидт, П. Де Бернардо Штемпель, Р. Кёддерич, Г. Р. Айзак, ср. также изданную, увы, уже посмертно статью В. П. Калыгина) - и, между прочим, постулирующая некоторую общность (лингвистических) морфологических инноваций в кельтском, индо-иранском, греческом, фригийском (и частично в славянском), что может подразумевать и какой-то уровень географического единства - не была учтена. В таком контексте ссылка на время и место контактов между носителями (пра)языков, предлагаемая этим исследователем, не имеет смысла».

Поразмыслите также и над заголовком его статьи: «Кухарчук Ю. В., Конча С.

В. Від палеоліту до незалежної Української держави (Л. Л. Залізняку - 60) // Кам’яна доба. - К., 2011. — Вип. 13. — С. 7-27». Вы видите, что для выдуманной всего двадцать лет назад «Украинской державы» Конча, совершенно не стесняясь, выводит историю от палеолита. При этом он совершенно не разбирается в археологии. В своей статье, опубликованный в Вашем «Вестнике», в простейшем же для археолога вопросе – в датировке периодов палеолита – Конча делает грубейшую ошибку. Он культуру неолита относит к мезолиту. (Интересно, найдёт ли он, «археолог», сам эту ошибку в своём тексте?).

Со своей стороны, уважаемый Анатолий Алексеевич, я занимаюсь системным анализом данных археологии, антропологии, генетики и лингвистики. Свою деятельность я веду в хорошо Вам известном ВЦ РАН, где руководство Вас ещё помнит. Вы знаете уровень специалистов этого института.

Если С. Конча хочет опубликовать действительную критику моей работы, то я не против. Но сомневаюсь, что он это сделает, судя по стилю его «комментариев». Убедительная к Вам, Анатолий Алексеевич, просьба:

опубликуйте мой ответный комментарий (это письмо).

Заранее спасибо А.А. Тюняев И еще раз - берегитесь популяционных генетиков. Например, в лице В. Запорожченко http://aklyosov.home.comcast.net В поисках статьи в сети наткнулся на какой-то из отростков лабиринта «Живого Журнала», под названием «Приношение Богине-матери».

Оказалось, что это типа консультационного «ресурса» по мтДНК, рекламируемого неким Валерием Запорожченко. Там он выставляет свои соображения, созывает на дискуссии. В общем, нормальное дело. Мое внимание привлекло его признание, выставленное в «шапку» его «ресурса», что он был изгнан с форума «Молген». Это уже интересно, поскольку, насколько помню, Запорожченко был одним из активистов того террариума, о котором он теперь отзывается не слишком лестно.

Вообще-то Запорожченко является фигурой настолько мелкой, что никакого интереса у меня вызывать не должен. И тем не менее, я полистал его «ресурс», и наткнулся на очередные «соображения», уже в отношении ДНК-генеалогии, и меня лично. Последнее меня в исполнении Запорожченко вообще не интересует, но то, что думает (и излагает) типичный популяционный генетик в отношении ДНК-генеалогии – это уже некоторый педагогический интерес представляет. Дело в том, что попгенетики в силу своей природной ограниченности (не все, но подавляющее большинство из тех, с кем мне приходилось встречаться) продолжают верить, что ДНК-генеалогия – это и есть популяционная генетика. Это примерно как путать «государь» и «милостивый государь», с той разницей, что в термине ДНК-генеалогия попгенетики вообще нет, так что даже семантически вещи совершенно разные, не говоря о совершенно разной методологии, подходах, сути результатов.

Эти люди не в силах уяснить, что по мере развития науки дисциплины расходятся, получают разные названия, причем не названия здесь главное.

Главное – что расходятся разные науки. Поэтому биохимия – это и не химия, и не биология, но ближе к химии, потому и био – это приставка, а химия – это, так сказать, корень. Есть физическая химия, которая ближе к химии, и есть химическая физика, которая по сути физика. Есть молекулярная биология, есть клеточная биология, и это не есть «молекулярная химия» или «клеточная химия», хотя первое (в кавычках) и есть по сути химия, а второе было бы, наверное, биохимией, если только создатель «клеточной химии» не предложит свою оригинальную методологию, четко отделяющее новую дисциплину от клеточной биологии. Ну и зачем его держать и не пущать, приговаривая, что клеточной химии не бывает? Работы, публикации и время покажут, так ли это или не так.

Не то было с ДНК-генеалогией. Эти ограниченные подняли свистопляску, что это «наше», то есть их, это якобы «популяционная генетика». А, стало быть, не замай. Так вот, Запорожченко был среди тех, которые шумели «не замай». И, судя по его «статье», таким и остался. Примеры будут даны ниже. Но поскольку он менторским «тоном» в своей «статье» давал указания, как и что надлежит называть в ДНК-генеалогии, это и показывало, что он так и не понял, что даёт указания уже совсем другой дисциплине, которую не понимает.

Так кто такой, этот Запорожченко? Просто занятно, кто строит из себя ментора? И я посмотрел в сети. Оказалось, что это – внештатный сотрудник лаборатории популяционной генетики одного из институтов Академии медицинских наук. В штате, стало быть, места ему не нашлось.

Ну ладно, бывает. Может, он обильно публикуется? Это к тому, что Запорожченко пишет про меня – «в реферируемых журналах по биологии у него работ нет». Надо же, что время с человеком делает. Видимо, забыл, как присылал мне поздравление в далеком 2009 году в связи с публикацией статьи в журнале “Human Genetics”. В том же году вышли мои статьи в “Journal of Genetic Genealogy”, но у Запорожченко свои критерии, видимо, это не «журнал по биологии». Я же не случайно написал выше, про «держать и не пущать». Низзя про ДНК-генеалогию в других журналах, надо непременно, чтобы журналы были по биологии.

Ну а как же тогда журнал «Биохимия»? Академический журнал, и не свежеиспеченный, а один из старейших в СССР и России. Или тоже не «биологический журнал»? Возможно, не все заметили махинацию Запорожченко, который написал «в биологическом журнале».

Нормальный человек, не жулик, написал бы, что у имярек нет публикаций.

Или написал бы, что нет публикаций в академических журналах. Но Запорожченко знает, что есть. Поэтому он совершает подлог и пишет – «в журналах по биологии», авось подлог не заметят, примут за то, что публикаций вообще нет. А как журнал Advances in Anthropology, подходит? Он не «биологический», как, можно? А там за последние несколько месяцев – четыре статьи (и пятая принята). Кстати, я в том журнале – член редколлегии.

Так как публикуется сам Запорожченко, если он такие «замечания» делает, хотя положение вещей знает? Да небогато публикуется. Давайте посмотрим. Возьмем за основу базу данных PubMed, где отражаются, в частности, статьи по попгенетике. Так, он начал публиковаться в 2010 году (две статьи), еще одна статья в 2011 году (в российском журнале «Генетика»), и одна в текущем, 2012 году. Действительно, не густо, тем более когда это по основной специальности. В добрые советские времена для переаттестации научного сотрудника надо было публиковать как минимум три статьи в год. К внештатным это, конечно, не относится, как и к лаборантам.

Но хуже то, что эти публикации, как бы это помягче выразиться, не свои.

Своих публикаций у Запорожченко нет. Его в эти статьи привлекают как мальчика из толпы, так сказать, на подхвате. Типа подай то, принеси сё, за то, так и быть, включим в авторы среди многих других. Свои статьи – это те, в которых один-два, ну, три автора. Если больше, с учетом тех, кто на подхвате, то настоящий автор стоит либо первым (если сам статью писал), либо последним (если руководитель). Ведущий автор никогда не стоит в середине. А Запорожченко всегда на подхвате, причем у разных начальников. Слуга многих господ, так сказать. И везде на третьестепенных ролях. То он у Бехара (Бехар – последний автор в списке), среди девяти соавторов (статья 2010 года, первая у нашего героя). То он у Хаака (Хаак – первый автор в списке статьи 2010 года, вторая статья Запорожченко), среди 17 авторов. То он среди 14 авторов в русском журнале (2011 года), где первый автор Балановский, последний автор – Балановская. То он среди 15 авторов статьи 2012 года, где первый автор – Хабер, последний – Заллу. Вот и всё.

Так что ему не по росту делать замечания о публикациях, тем более замечания ложные. Может, на него ссылаются много? Есть сетевой уважаемый ресурс по цитируемости, называется QuadSearch, с индексом цитируемости Хирша. Так там у Запорожченко – внимание! – однаединственная ссылка на все статьи нашего героя. У того же, кому он имеет наглость делать замечания по научным статьям – 83 ссылки только на статьи по ДНК-генеалогии. Из них на ту статью в Human Genetics, упомянутую выше – 15 ссылок. Из первой моей сотни цитируемых в списке статей – 13 статей по ДНК-генеалогии, на первую сотню статей – полторы тысячи ссылок, но к моим работам по другим дисциплинам Запорожченко, как я понимаю, претензий не имеет.

Так что кто уж бы делал замечания… В русском языке есть довольно хлесткая поговорка на эту тему, про корову.

Кстати, одну из статей Запорожченко, где он среди 17 авторов, я довольно подробно разбирал в Вестнике за декабрь 2010 года (стр. 2065-2069). Вот несколько выдержек из разбора:

Статья пространная, 16 страниц, плюс приложения, 17 авторов, но за обилием разговоров теряется суть того, что было на самом деле Теперь о мтДНК. О чем говорит таблица выше? Да тоже, в общем, мало о чем... Разгадало ли это какую-нибудь историческую или прочую загадку? Видимо, нет.

А почему именно Ближний Восток? Оказывается, потому что СЕЙЧАС там такие гаплогруппы, 6 тысяч лет спустя. Правда, и это не совсем так. Смотрим на данные (показано, что это не так – АК).

Так что Ближний Восток совсем не доминирует. Очевидно, и здесь явная натяжка, не согласующаяся с ситуацией.

И дальше в статье пошли манипуляции, видимо, принятые в популяционной генетике, но вызывающие возражение у читателя, в данном случае, у автора настоящей статьи. Авторы цитируемой работы пишут, что мтДНК в захоронениях 6000-6200 лет назад «напоминают ближневосточные», точнее, “promoted Near Eastern resemblance”. В английском языке это звучит крайне уклончиво. На каком основании «промотируют сходство»? А потому что в захоронении «низкая частота» гаплогруппы Н и «большая частота»

HV, J и U3. Неужели? Смотрим данные. Всех мтДНК от одной до трех, у Н – две. Это что, «низкая частота»?

... Как сравнивали гаплогруппы, которых в настоящее время не обнаружено – остается загадкой.

Да, наука творит чудеса. Правда... авторы пишут, что именно этот маршрут и «широко принят», но не пишут, где принят. По контексту понятно, что в современной исторической науке. Что и требовалось доказать.

Вернемся опять к вопросу, стоит ли мне разбирать личность столь мелкого в науке человека, как Запорожченко? Ну, во-первых, я разбираю не личность, как личность меня он совершенно не интересует. Я пишу, как легко увидеть, про отличия «популяционной генетики» от ДНКгенеалогии, про цитируемость статей в науке, про то, как удел некоторых – не писать свои статьи, а бегать от одного авторского коллектива к другому, и быть в составе десяти-двадцати соавторов. При этом строить из себя крупного ученого, делать (ложные) замечания про якобы отсутствие статей у других.

Этим дело не ограничивается. В угоду своей «концепции» Запорожченко идет на прямую ложь. Как мантру он повторяет в разных источниках, что я не знаю о наличии генов в Y-хромосоме. На самом деле еще в моей первой (научно-популярной) статье по ДНК-генеалогии, под названием «Се человек» (2006) я писал: «Хромосома Y состоит из 50 миллионов нуклеотидов, и в ней - всего 27 генов».

Что такое 27 генов на хромосому? Для этого посмотрим, что я писал в том же абзаце: «Все 46 хромосом, 23 пары, в совокупности состоят из трех миллиардов нуклеотидов, и в их составе примерно 30 тысяч генов. Стало быть, в среднем по 65 миллионов нуклеотидов и по 652 гена на хромосому. Хромосома Y состоит из 50 миллионов нуклеотидов, и в ней - всего 27 генов». Вот о чем речь.

Обычно я пишу – в популярных рассказах – что генов в Y-хромосоме почти нет, и ДНК-генеалогию они не интересуют. Так оно и есть. Мутация в генах обычно ничем хорошим для человеческого организма не заканчивается, поэтому если некоторые STR-маркеры попадают в генные последовательности, то их мутации в потомство вряд ли переходят, в выжившее потомство во всяком случае.

Некоторые (неакадемические) источники указывают, что в Y-хромосоме человека 231 ген, Википедия сообщает, что там 86 генов, хотя в списке на сайте http://useast.ensembl.org/Homo_sapiens/Search/Details?page=7;q=Y chromosome;species=Homo_sapiens;end=66;idx=Gene;

приведено только 66 генов, из которых на самом деле к Y-хромосоме отнесены только 40. Изменило ли это как-то методологию ДНКгенеалогии, сколько бы там генов ни было? Нет, нисколько. В этот и есть начетничество «популяционных генетиков» типа Запорожченко. Они вбрасывают совершенно неважную информацию, полагая, что это что-то изменит, или кого-то дискредитирует. Это – их драйвер. На самом деле ДНК-генеалогия изучает нерекомбинантные последовательности ДНК, сколько там по соседству генов (а их там немного) – не имеет ни малейшего значения (см. последующую статью в этом Вестнике).

Запорожченко пишет, что в ДНК-генеалогии не используют термин «локус», а используют «маркер», и он этим недоволен. Во-первых, не его дело, какие термины используют, а какие нет в совершенно другой научной дисциплине. Во-вторых, он просто не читает литературу по ДНКгенеалогии, поэтому и допускает такие ляпы. Читал бы – то увидел, например, вот такой отрывок из моей статьи в журнале «Биохимия» (2011):

«Мутации второго типа – STR (short tandem repeat) – значительно более быстрые. Они происходят в определенных локусах ДНК раз за несколько десятков или сотен поколений. Поэтому гаплотипы ДНК выбирают так, чтобы в них таких локусов было как можно больше (но все-таки чтобы оставаться в рамках практичности)... Поскольку уже показано и доказано, что эти мутации в локусах происходят в основном (или исключительно) неупорядоченно, то к ним стало возможно применять правила и подходы химической (или биологической) кинетики (кому какой термин больше нравится, суть одна).

Поскольку «популяционный генетик» Запорожченко имеет крайне слабые познания в других дисциплинах, то он пишет: «свою теорию оценки возраста линий Y-хромосомы Анатолий Клесов построил на естественной аналогии с явлением радиоактивного распада, исходя из предположения, что за определенный промежуток времени мутирует определенная доля идентичных базовых линий, представленных в предковой популяции». Во-первых, это не «исходя из предположения», а это экспериментальный факт, показанный на десятках серий гаплотипов.

Далее, не по «аналогии с явлением радиоактивного распада», а исходя из понимания кинетики процессов первого порядка. Для этого нужно просто понимать, как работает копирующий фермент и в чем причина мутаций в ДНК потомков. Процесс радиоактивного распада – тоже описывается кинетикой первого порядка, только радиоактивный распад – явление необратимое, а STR-мутации - явление обратимое, поэтому кинетика несколько другая.

Дальше у Запорожченко пошла принципиальная ахинея, в форме наукообразного изложения, но по типу «за деревьями не видит леса». Я даже цитировать его не буду, потому что эта ахинея растянулась у него на две страницы. Суть ее – типичное нытье плохо образованного биолога, что константам скоростей реакций он не верит, потому что он не может на самом деле проверить, как оно было у начала кинетической кривой. Продолжая пример с радиоактивным распадом, такой плохо образованный биолог говорит, что не верит временам полураспада в тысяч лет, потому что 5 тысяч лет назад это никто не проверял и измерения не начинал. То, что при кинетике первого порядка такие закономерности легко экстраполируются, он не понимает. Ему нужна «машина времени», как он буквально пишет.

«Даже если мы уверены в истинности топологии нашего дерева..., мы может только принять на веру, что в нем представлены все главные ветви, что никакая из них не была утеряна за время истории».

Написать такое может только человек, абсолютно не понимающий сути ДНК-генеалогии. На самом деле утеряно множество ветвей, но на то есть расчеты «внутри ветвей», а есть расчеты «между ветвями». Совокупность тех и других подходов позволяет восстановить, реконструировать более полную картину. Например, африканские ветви, известные на сегодняшний день, уходят в глубь времен обычно только на 5-6 тысяч лет, а часто и только на 500-800 лет. Однако расчеты «между ветвями»

позволяют выявить, что общий предок африканских гаплотипов жил тысяч лет назад. Эвона как – масса ветвей «утеряна за время истории», но и по сохранившимся фрагментам выживших ветвей можно получать довольно полную картину (в отношении времен жизни древнейших предков). По гаплотипам можно рассчитать, что общий предок современного человека и современного шимпанзе жил около миллионов лет назад. А уж сколько ветвей потеряно в ходе этой эволюции... но это не помешало выявить время жизни общего предка человека и шимпанзе.

Обычно люди ограниченные сводят свою аргументацию к тому, что «это все сложно, потому невозможно». К таким относится Запорожченко. У него на все негативное воззрение – и в скорости мутаций он не верит, и потеря ветвей (см. выше) якобы делает расчет невозможным, и дисперсия все погубит, приписывает ДНК-генеалогии некую «химическую модель мутирования» (у Запорожченко слово «химия» или «химическое» играет роль некоего пугала). Ничего своего для решения этих вопросов он не предлагает, для него всё сложно. Он думает, что «скорости» мутаций (так и берет слово «скорости» в кавычки) у нас некие «регулярные явления», потому что не понимает, что это не регулярное, а статистическое явление, как и все в химической кинетике.

Очередные две страницы своего материала Запорожченко посвятил моему замечанию про скорости мутации в мтДНК. И опять – не увидел леса за деревьями. Забавно, как он «образованность хочет показать», и при этом не понимает сути моего замечания. В ноябрьском выпуске Вестника я писал о том, что расчеты времен до общих предков по мтДНК крайне несовершенны, поскольку пока не выяснено, какая же скорость мутации может быть использована. Всё. В этом была суть моего замечания. Остальное – примеры с цифрами. Примеры были о том, что по одним данным одна мутация в мтДНК проходит раз в 3624 года (Soares, 2009), но потом начинают вводить дополнительные коэффициенты, и скорость мутации начинает плыть от 3624 лет-1 до лет-1, 7790 лет-1, 9503 лет-1, и это не предел. Как я написал, на мой взгляд это похоже на поправки на возвратные мутации. Точнее, я на самом деле написал – «Я так и не понял, идет ли речь о введении поправки на возвратные мутации, что вполне возможно, судя по используемым поправочным формулам, содержащим экспоненциальные компоненты и рассуждениям о «скрытых мутациях» (hidden mutations)».

Вот этим оборотом «я так и не понял» я сделал, как оказалось, форменный подарок Запорожченко. Он так обрадовался, что я что-то не понял, что вынес этот мой оборот в заглавие своей «статьи».

Определенно, есть в нем что-то ущербное. Надо же, какое ликование, что я что-то не понял. После этого Запорожченко опять занял две страницы, на этот раз историей вопроса, кто и о чем когда на этот счет что опубликовал, по вопросу о внутривидовом мутировании мтДНК.

Забавно, что «парируя» в ответ на мой оборот «я так и не понял, идет ли речь о введении поправки на возвратные мутации» Запорожченко ответил – «Да, примерно так». Ну и стоило писать эти две страницы ни о чем, если это «примерно так»? Но еще забавнее то, что Запорожченко так и не показал, КАК на самом деле надо считать, при использовании какой константы скорости. У него опять все свелось к тому, что это все сложно.

В итоге, как в старом медицинском анекдоте, «ноготь так и остался невырезанным». Весь пар Запорожченко ушел в свисток. Какую константу скорости мутации мтДНК применять для расчетов – так и осталось неизвестным. Какова надежность расчетов по мтДНК, проводимых за последние 20 лет, при всей этой оказавшейся сложности – так и осталось неизвестным. Так что неудивительно, что он – пешка среди 15-18 авторов чужих статей, и ни одной статьи своей.

На этой оптимистической ноте и подведем.

А. Клёсов Микросателлиты и гены Y-хромосомы Мы часто сообщаем в научных и популярных работах, что ДНК-генеалогия использует в своей методологии нерекомбинантные участки Y-хромосомы, в которых находятся микросателлиты, то есть STR, short tandem repeats.

Некоторые особо активные попгенетики нас публично упрекают, что это не так, и что многие (или некоторые? – они, попгенетики, никогда не уточняют) микросателлиты пересекаются в Y-хромосоме с генами, и поэтому основное положение ДНК-генеалогии неверно. Почему неверно – они тоже не уточняют. Неверно, и всё. Пример – тот же Запорожченко, о чем идет речь в предыдущей статье в этом выпуске Вестника.

На самом деле это не может быть проблемой по ряду причин. Как правило, гены по размеру (числу нуклеотидов) намного больше микросателлитов, и в случае «пересечения» микросателлиты, или локусы, были бы частью гена.

То есть при любой мутации в локусе, при которой, естественно, микросателлит или укорачивается, или удлиняется, ген тоже будет мутировать, а это обычно для организма ничем хорошим не кончается. То есть мутации в микросателлите в большинстве случаев будут приводить к изменению функции гена, к синтезу другого белка, нежели того, что до мутации, и – вполне возможно – будут влиять на выживаемость потомства.

Это не исключает «пересечения» микросателлитов с генами, но скорее всеро резко уменьшает вероятность такого события. Так это и оказалось, как будет показано ниже.

Чтобы не быть голословным, сравним размеры генов и микросателлитов в Y-хромосоме. Геномный браузер Y-хромосомы сообщает, что там имеется генов, но приводит только 40. Остальные оказываются на хромосомах 1, 2, 3, 5, 6, 8, 11, 12, 13, 16, 17, 19, 20, хромосоме Х и так далее. Примеры размеров участков генов – 159 605 bp (USP9Y), 109 059 bp (RBMY1J), 91 627 bp (TSPY3), 71 282 bp (TSPY1), 68 893 bp (CYorf17), 37 955 bp (RBMY1A1) 36 739 bp (TXLNG2P), 21 203 bp (BPY2), 15 522 bp (CYorf15B), 9 635 bp (RBMY2DP), 5 488 bp (AC007965.12), 2 811 bp (CDY2a).

А вот примеры размеров микросателлитов:

Самые протяженные микросателлиты из остальных в 67-маркерном гаплотипе – 368 bp (GATA-H4), 355 bp (DYS449), 308 bp (DYS444 и DYS446), и 305 bp (DYS442).

Так вот, во всем 67-маркерном гаплотипе есть только два локуса, которые входят в генные участки. Оба – мультикопийные маркеры, DYS459а и CDYa.

DYS459a (расположен на участке 24,488,178 – 24,488,329) перекрывается с геном RBMY1J (24,454,970 – 24,564,028), который превышает его по размеру в 717 раз. CDYa (расположен на участке 24,561,409 – 24,561,684) перекрывается с тем же геном RBMY1J. Видимо, в этом есть какой-то биологический (регуляторный?) смысл, что оба мультикопийных локуса из 67 находятся в одном и том же гене.

Несколько слов о том, где эти микросателлиты и гены расположены на Yхромосоме. Напомню об общей форме Y-хромосоме, которая здесь представлена в виде так называемой идеограммы (участок за обрезом нам сейчас не нужен), длиной почти в 58 миллионов пар оснований (формально это 57,772,955 пар оснований). Темные и светлые полосы на идеограмме соответствуют окраске Y-хромосомы после ее специальной обработки для рассмотрения под микроскопом. Три полосы до центромера (места сужения) слева соответствуют длине 1. миллиона, 3.3 миллиона, и 11.2 миллиона пар оснований. Именно там находится большинство микросателлитов, но только немного генов.

Распределение такое:

В первых двух полосах (то есть в первых 3.3 миллиона нуклеотидов) генов нет (по имеющимся данным), но есть два микросателлита – DYS393 и DYS446.

В длинном (неокрашенном) участке между 3.3 и 11.2 Мbp есть 8 генов, в основном в узкой полоске между 9.2 и 9.4 Mbp, но есть 16 микросателлитов из 67 (точнее, из 63, поскольку четыре не приведены в браузере – DYS388, DYS406S, DYS425 и DYS450), в частности, там находится DYS19.

В короткой неокрашенной полосе после центромера (12.4 до 14.2 Мbp) есть всего один ген (RCC2P1), но есть 8 микросателлитов, в частности, DYS391, DYS439, DYS389.

В последующей окрашенной полосе (14.2 до 18.8 Mbp) – 17 микросателлитов (в частности DYS390, DYS426, и самый медленный маркер DYS472), и 4 гена.

Все они чередуются, не пересекаясь.

В неокрашенной полосе (18.8 – 21.1 Mbp) – два гена и шесть микросателлитов, в частности, DYS385 и DYS392.

В последующей окрашенной полосе (21.1 до 25.2 Mbp) – 15 генов, максимальное количество, больше трети от всех. Там же и описанные выше два пересечения генов с мультикопийными микросателлитами. Там же микросателлитов, из которых два DYS464.

В предпоследней неокрашенной полосе (25.2 – 27.1 Mbp) – 4 гена и микросателлита, это остальные два DYS464 и CDYb.

В последней длинной неокрашенной полосе (выше 27.1 Mbp) четыре гена, из которых два наклвдываются друг на друга. Это – RBMY2DP (28,269,821 – 28,279,455) и AC007965.12 (28,269,867 – 28,275,354), и всего один двойной микросателлит (DYS395S1), который унесло за отметку в 88 миллионов bp.

В итоге вывод из всего изложенного состоит в том, что ДНК-генеалогия работает почти исключительно с микросателлитами, которые не относятся к генам. Есть единичные исключения, но они сводятся к мультикопийным маркерам, которых и отличает необычное поведение в отношении мутаций.

ДИСКУССИИ

грандиозности, широким необоснованным обобщениям, -----------------------------Для всех профессионалов характерны стремление к (у нас в гостях – международный портал «Заметки по еврейской истории. Еврейская Старина») Борис Э.Альтшулер Израиль, готовься!

Исследование специалистов по ДНК-генеалогии подтвердило гипотезу, согласно которой народность лемба, проживающая на территории Зимбабве и соседних стран Южной Африки и соблюдающая некоторые заповеди иудаизма, имеет еврейские корни. Большинство членов этого племени, насчитывающего около 70 тысяч человек, хранит традиции, которые кажутся более естественными в Тель-Авиве, нежели в Хараре:

обрезание, ритуальный забой скота и запрет на употребление в пищу свинины.Сами лемба считают себя южноафриканским племенем «черных евреев», пронесшим через века память о своих иудейских корнях, даже несмотря на то, что многие члены этой общины были обращены миссионерами в христианство или ислам.

Недавно устная традиция лемба, свидетельствующая о еврейском происхождении народности, была подтверждена документально:

исследование ученых из Лондонского университета показало, что их гены хранят следы происхождения из региона Восточного Средиземноморья.

Наделавшее много шума в конце 90-х генетическое исследование показало, что 55 процентов евреев с фамилиями Коэн, Коган, Каганович, Кац и т.п.

имеют общее происхождение от человека, жившего в глубокой древности.

Этот же гаплотип (генетический маркер происхождения) обнаружен в геноме большинства лемба. «Лемба происходят от общего предка, жившего около трех тысяч лет назад на Ближнем Востоке, — отмечает антрополог Тюдор Парфитт. — Вообще, изучая лемба, я столкнулся с очень интересной историей, в которой генетика, как точная наука, выступила в поддержку человеческих верований».

Не существует письменного рассказа о том, как предки лемба прошли через всю Африку и оказались на территории современного Зимбабве. Согласно их собственным легендам, праотцы лемба пришли с Ближнего Востока, неся с собой впоследствии утраченную копию Ковчега завета, которую они называют «Нгома лунгунду». По словам Парфитта, лемба верят, что их предками являются белые люди, пришедшие в Южную Африку с территории современного Йемена.

«Мы, лемба, не можем отказаться от иудаизма, потому что он представляет собой основу нашей культуры, — заявил Хамандише, депутат парламента Зимбабве, в настоящее время находящийся с визитом в Израиле. Его слова приводит AFP. — Мы пытались рассказать другим народам, кто мы есть, но нам не верили. Однако теперь мы счастливы, поскольку наше убеждение о связи с еврейским народом подтверждено научными экспериментами».

Интересно отметить, что обычаи лемба запрещают им вступать в смешанные браки с представителями иных народов. В различных уголках мира, в том числе в Африке, есть народы, заявляющие о своем происхождении от древних евреев (потерянных колен). Однако уникальность лемба заключается в том, что лишь у них генетики действительно документально подтвердили наличие иудейских корней.

«При этом лемба в антропологическом отношении не выделяются на фоне соседних народов. Они являются интегральной частью южноафриканского общества, говорят на местных языках и по большей части исповедуют христианство. Поэтому охарактеризовать идентичность этого этноса с точки зрения культурной антропологии затруднительно», — полагает Парфитт. Часть лемба (далеко не все) желали бы, чтобы на них распространили израильский Закон о возвращении. Некоторые из них хотели бы переселиться в еврейское государство, обрести там свой дом, приобщиться к подлинным еврейским традициям и изучить иврит. Вполне возможно, Израиль пойдет им навстречу: ведь в 70-е годы прошлого века раввинат признал эфиопскую народность фалаша, религия которой весьма далека от «классического» иудаизма, потомками колена Дана. Не исключено, что аналогичная участь ожидает и лемба.

Материал подготовил Роберт Берг. Jewish.ru Anatole Klyosov:

>Исследование специалистов по ДНК-генеалогии подтвердило гипотезу, согласно которой народность лемба, проживающая на территории Зимбабве и соседних стран Южной Африки и соблюдающая некоторые заповеди иудаизма, имеет еврейские корни.

Корни бывают глубокие и мелкие. Еврейские корни народности лемба давностью лет шестьсот (это я по памяти, полное исследование опубликовано в журнале J. Genetic Genealogy в 2009 году). Иначе говоря, некий еврей посетил в средние века ту обитель в Зимбабве, и оставил свой ДНК-след. Это бывает. Как говорил М.М. Жванецкий - "одна ошибка - и ты отец". Видимо, он же убедил доверчивых чернокожих, в основном банту, о пользе шабата и обрезания, и о вреде свинины.

Потом, в конце 1990-х годов, там появились "популяционные генетики", среди них некий Парфитт, взяли образцы ДНК, большинство банту проигнорировали, нашли еврейские "корни", и не умея анализировать данные в рамках хронологии, подняли "детский крик на лужайке", что там сплошные "коэны". Безграмотность при анализе данных дело, конечно, хорошее, но не настолько же. Если бы эти Парфитт-исследователи хоть немного соображали, то осознали бы, что все еврейские гаплотипы у лемба просто идентичны, а это означает совсем недавнего общего предка, принесшего этот гаплотип. "Совсем недавно" - это и есть лет 600, паратройка мутаций у исследованной группы лемба за это время проскочили. О древних иудейских корнях там речи просто нет.

К сожалению, это совершенно типичный случай. Так называемые "популяционные генетики" систематически демонстрируют впечатляющее невежество при анализе данных. Данные-то они получают, а анализировать не умеют.

>Наделавшее много шума в конце 90-х генетическое исследование показало, что процентов евреев с фамилиями Коэн, Коган, Каганович, Кац и т.п. имеют общее происхождение от человека, жившего в глубокой древности.

Если 1000 лет - это "глубокая древность", то это так. Это все к тому же, что я отметил выше. Данные получают, а анализировать не умеют.

>Этот же гаплотип (генетический маркер происхождения) обнаружен в геноме большинства лемба. «Лемба происходят от общего предка, жившего около трех тысяч лет назад на Ближнем Востоке, — отмечает антрополог Тюдор Парфитт.

Угу. Если этого антрополога взять за лацканы (или за жабры, кому как нравится),и спросить - Тюдор, ну давай как на духу - откуда ты эти три тысячи лет взял, когда там только шестьсот - он же ведь не ответит. Как та лошадь на скачках - "ну не смогла я...". Вот и Тюдор не смог. Но баки забивает и очки втирает. Я не знаю, зачем. Может, кто ответит?

>По словам Парфитта, лемба верят, что их предками являются белые люди, пришедшие в Южную Африку с территории современного Йемена.

Очень может быть. Лет шестьсот назад. А что, тоже давно.

>"Однако теперь мы счастливы, поскольку наше убеждение о связи с еврейским народом подтверждено научными экспериментами».

И тоже вождь прав. Спасибо тому средневековому еврею.

>Часть лемба (далеко не все) желали бы, чтобы на них распространили израильский Закон о возвращении... Вполне возможно, Израиль пойдет им навстречу.

Ну, это ясно. Опять еврей виноват.

A&B Вот так вот сразу, шестьсот лет назад, один еврей - и всё? Все лемба стали евреями? Это сколько же ошибок надо было совершить одному, бедному еврею:-)? А если серьезно. как укладываются короткий срок в шестьсот лет и идентичность гаплотипов у многих (если это была представительная выборка) лемба?

Борис Э.Альтшулер Всё-то хорошо, но какой же зловредной потенцией должен был обладать этот маленький еврей из Йемена, чтобы оплодотворить такой здоровенный кусок Восточной и Южной Африки?!! Можно ли это генетически успеть сделать за 600 или 1000 лет и произвести довольно солидную народность?

Вот ведь в чём вопрос.

Anatole Klyosov Я понимаю, что представители научно-технических дисциплин имеют несколько другое устройство мозга, чем представитель дисциплин гуманитарных (заметьте, я не говорю, у кого из них устройство лучше или правильнее, я говорю "другое"). Так вот, я как представитель научнотехнической дисциплины, никогда бы не сказал "народность Лемба... имеет еврейские корни", потому что эта народность имеет много разных корней (см. ниже). Я бы не сказал "здоровенный кусок Восточной и Южной Африки", а указал бы, какой именно "кусок" и что в это понятие вкладывается. Я бы не усомнился про "генетически успеть" без хотя бы примерных подсчетов, а сколько можно произвести потомков за несколько сотен лет. Я бы не сказал "солидную народность" без уточнения, что это такое, количественно, и какую долю от них составляют те, которые по гаплотипам подходят под евреев. Наконец, я бы не стал с полоборота оспаривать сообщение человека, который эти расчеты проводил и публиковал в академической печати (при всей условности этого понятия), или хотя бы перед этим ознакомился с расчетами, хотя бы "концептуально".

Я вообще-то не сторонник положения, что каждая кухарка может управлять государством.

Понимаете, о чем я?

К делу. Всего этих Лемба примерно 70 тысяч человек. Я не знаю, "солидная народность" ли это, и подходит ли под это понятие "здоровенный кусок Восточной и Южной Африки". В нашем городке Ньютон под Бостоном, например, примерно 85 тысяч человек, но я бы не сказал, что он занимает "здоровенный кусок восточного побережья Америки". Если честно, то он и здорового куска штата Массачусеттс не занимает. Если еще точнее, то занимает меньше чем 0.2% штата (18 кв. миль против 10155 кв. миль). Так вот, этих Лемба было протестировано 136 человек. Будем считать, следуя за авторами исследования, что это репрезентативная выборка, других вариантов у нас все равно нет. Из них "еврейские" гаплотипы показали человек. Вообще-то арабские гаплотипы такие же, но поскольку эти Лемба придерживаются еврейских обычаев, засчитаем, что все эти гаплотипы еврейские по происхождению. Остальные 121 гаплотип распались на совершенно разные ветви, большинство из них характерны для Банту, и возраст общего предка этих гаплотипов оказался 8300 лет. Другие ветви, нееврейские, дали 2550 лет, 2150 лет до общего предка и так далее.

Поехали дальше. Из этих 15 еврейских гаплотипов у Лемба 12 (то есть 80%) оказались полностью идентичными друг другу. Это означает, что их общий предок жил всего несколько сот лет назад. Подсчет дал 625 лет назад. Для сравнения и для наглядности можно подобрать что-то подобное и с известной генеалогией. Известный пример: потомки Джона Мак-Доналда, Лорда Островов, который умер в 1386 году, то есть 626 лет назад. У его потомков (кстати, среди них и наполеоновский маршал МакДоналд) 78% идентичных гаплотипов в том же формате, что и у Лемба (хотя сами гаплотипы, конечно, другие). Как видите, расчет и без всяких МакДоналдов был проведен в целом верно, и Мак-Доналды его в целом подтвердили.

Теперь, сколько потомков можно ожидать через 625 лет (25 поколений, если по 25 лет на поколение)? Сначала - голая и сильно преувеличенная теория, что если в каждом поколении в среднем двое детей - мальчик и девочка, то за 25 поколений число потомков - два в 25-й степени. Это - примерно миллиона человек, то есть 17 миллионов мальчиков. Так, конечно, не бывает, но представление дает. Пусть будет в тысячу раз меньше, то есть тысяч человек. Это уже ближе. Кстати, в клубе потомков Джона Макдоналда несколько тысяч человек, а там, конечно, далеко не все потомки учтены.

А у Лемба? Из 136 человек оказалось 15 с еврейскими корнями, то есть из тысяч человек можно ожидать около 8 тысяч человек.

Итог: от одного бойкого еврея, посетившего кишлак (аул, стойбище, вилаж) Лемба в конце 14-го века вполне могли народиться все современные Лемба с еврейскими корнями. А если еврей еще был любвеобильным, и проявил внимание к нескольким симпатичным лембам, то ого-го, и остальную Азию мог заселить к настоящему времени.

Эвона как.

Борис Э.Альтшулер Спасибо за постинг и остроумное обсуждения проблемы лемба. C еврейской генетикой Африки теперь стало намного яснее.

О квадратичном и линейном методах расчетов, и фантазиях в области археологии и краниологии (Дискуссия на Форуме «Родство», июнь 2012 года) От редактора: суть линейного и квадратичного методов подробно описаны в Вестнике за 2008-2009 гг., в журнале J. Gen. Geneal. за 2009 г., и в журнале Advances in Anthropology за 2011 г. В первом методе подсчитывается суммарная разница мутаций по всем маркерам (локусам) все гаплотипов в рассматриваемой серии, во втором – суммарная разница квадратов этих мутаций. В первом методе вводится поправка на возвратные мутации, во втором она не требуется.

В принципе, в идеальном случае (все мутации одношаговые, нет мультикопийных мутаций, вся серия гаплотипов относится к одной ветви, то есть к одной ДНК-генеалогической линии с одним общим предком, все мутации статистически неупорядоченные и равновероятные в своем локусе, все возвратные мутации тоже неупорядоченные и равновероятные), оба метода должны давать идентичные результаты. В реальных системах, однако, всегда есть отклонения от идеальных случаев – есть примеси посторонних гаплотипов, то есть от других общих предков, мутации часто наследуемые, а не статистические, мультикопийные мутации приводят к кажущимся двух-, трех и выше –шаговым мутациям. И тем не менее, линейный и квадратичный методы обычно дают одинаковые результаты в пределах погрешности расчетов.

При расчетах неумелых квадратичный метод часто дает завышенные результаты, так как ошибки (например, разница в аллелях от примесных, посторонних гаплотипов, или мультикопийных маркеров) возводятся в квадрат и суммируются, а в линейном методе при столь же неумелом подсчете просто суммируются, без возведения в квадрат. Явные завышения в квадратичном методе получаются в результате его неумелого применения, и сравнения с результатами умелого применения линейного метода. Мы это уже много раз обсуждали и показывали на конкретных примерах, но некоторые любители продолжают наступать на одни и те же грабли. Оттого и дискуссии, но они в целом полезны, так как позволяют новичкам увидеть, что такое умелое и неумелое владение аппаратом ДНКгенеалогии. Главная особенность неумелого применения – это расчет «чохом», без построения дерева гаплотипов и разделения его на ветви.

Тогда в квадрат возводится всё, что между ветвями. Это обычно много, и данные оказываются в принципе неверными. Но это обычно прикрывается некой наукообразностью. Дискуссия ниже это показывает.

Ostan:

Я считаю чохом (то есть не разделяя серии гаплотипов на ветви – прим.

редактора). Единственное требование для квадратичного метода подсчета мутаций, это то, чтобы все гаплотипы принадлежали единому субкладу.

Квадратичный метод, также как и линейный, чувствителен к веткообразованию, но для квадратичного метода эта чувствительность на порядок меньше. Это уже многократно проверено. Если для линейного метода при выделении какой-то ветви и подсчета времени до общего предка этой ветви мы никогда не попадем в то место, из которого эта ветвь произросла, то для квадратичного попадание в место произрастания ветви и является одним из методов проверки правильности расчетов.

И. Рожанский:

>Цитата(Ostan @ 17.5.2012, 2:27) Квадратичный метод также как и линейный чувствителен к веткообразованию, но для квадратичного метода эта чувствительность на порядок меньше. Это уже многократно проверено.

Проверено кем, когда и на каких примерах? Для меня это, честно говоря, откровение. До сих пор критерием надежности считалась однородность выборки, для которой рассчитывается общее количество мутаций.

Конкретный метод подсчета - это уже частности.

Более того, меньшая чувствительности квадратичного метода к неоднородностям выборки - это вообще миф. Калибровка квадратичным методом по документальным родословным дает коридор ошибок в 1,5- раза шире, чем при линейном, и это вам прекрасно известно. В теме "Калибровка скоростей мутаций" я неоднократно выкладывал такие расчеты, как собственные, так и при использовании калькулятора К. Нордведта. Если такое происходит с проверенными однородными выборками, то откуда уверенность, что с заведомо неоднородными квадратичный метод даст менее фантомного предка, чем линейный? Если брать такую выборку и считать чохом, то "оба хуже", как сказал бы один носитель G2a1a.

>Если для линейного метода при выделении какой-то ветви и подсчета времени до общего предка этой ветви мы никогда не попадем в то место, из которого эта ветвь произросла, то для квадратичного попадание в место произрастания ветви и является одним из методов проверки правильности расчетов.

Это вообще какая-то загадочная фраза. Что значит "попадаем или не попадаем в место произрастания ветви"? По статистике, субклад R1a1a1h (L342.2) в основной своей массе "произрастает" в США, с максимальной концентрацией в Бронксе. Имеется в виду ашкеназийская ветвь, что охватывает более половины известных нам гаплотипов этого субклада.

Если применить ваш критерий и считать все гаплотипы всего субклада чохом ("единственное требование" соблюдено!), то ветвь ашкенази неизбежно даст перекос, и предок будет фантомным, вне зависимости от метода. Вот только линейный метод однозначно занизит возраст этого фантома, а куда попадет квадратичный, одному Богу известно. Может занизить, может завысить, может случайно попасть, но к заслуге метода это не относится. Стоящие часы тоже 2 раза в день показывают точное время.

Так что не обольщайтесь мнимыми достоинствами квадратичного метода и не считайте, что его применение отменяет работу по построению деревьев.

Это самообман.

А. Клёсов:

>Я и считаю чохом – и далее.

Это и далее просто букет неверных фраз. Я-то думал, что вы в этих делах разобрались. Оказывается, вы практически на нулевом уровне. То есть вы что-то берете и на что-то делите, ветви не разделяете, что-то получаете, типа некоего загадочного "места произрастания ветви", и придаете этому некое значение из истории и археологии.

Если одним словом, то это кошмар.

Ostan:

Ну вот, затронул больную тему. А в этой теме ничего особенного нет.

Просто нужно немного разобраться, чем отличается квадратичный метод от линейного, и все станет на место. То, что линейный метод занижает возраст субклада - это уже давно известно. В самом деле, если считать по среднему, то и получим средний возраст, который будет, естественно.

отличаться от максимального. Про особенности калибровок для квадратичного метода и для линейного я уже писал неоднократно, но, видимо, прошло мимо.

При расчетах квадратичным методом, так же как и при расчетах линейным, желательно разбивать на ветви. Но, этот процесс можно продолжать до бесконечности. У каждой большой ветви всегда найдутся и более малые.

Так что, для правильности расчета нам необходимо продолжать разбивать на ветви до бесконечности? Совсем нет, а то абсурдность ситуации очевидна. Нам просто необходимо знать, что все ветви (гаплотипы) принадлежат единому субкладу. И ничего страшного, если для одной выборки мы получим меньший возраст. Просто представители этой выборки имели более позднего предка, чем для всего субклада.

Я специально провожу постоянно проверку расчетов возраста субклада по совпадению с той развилкой, от которой и растет данная ветвь субклада.

Расчеты возрастов, как правило, совпадают. Последний пример для гаплогруппы Q. Расчеты, проведенные Игорем Львовичем, дали 12 000 лет для американской ветви. И у меня расчеты как для американской, так и для евроазиатской дали все те же 12 000 лет. И это при том, что не проводилось разделение на отдельные ветви. Так неужели за 12 000 лет не было отдельных ветвей? Да были они, и вполне достаточно. А вот для линейного метода такое совпадение просто невозможно. И дело не в том, что линейный метод дает несколько заниженное значение возраста по сравнению с квадратичным. Просто линейный метод противоречит сам себе. Положение развилки также считается линейным методом. Тем не менее всегда после развилки тот же линейный метод даст бутылочное горлышко. Сколько раз мы разобьем на ветви, столько бутылочных горлышек и получим. Квадратичный метод свободен от этого недостатка.

Впрочем, чтобы понять преимущества и недостатки обоих методов надо считать обоими и сравнивать. А это, видимо, слишком сложно.

A. Klyosov:

>Ну вот, затронул больную тему.

Никакая она не больная, все давно известно. Ваш ответ только показывает, что вы в этом так и не разобрались. "Аргументы" ваши просто смешные. То, что вы писали ранее, давно детально раскритиковано и отвергнуто. А Вы теперь сообщаете, что "писали неоднократно". Смешно.

>При расчетах квадратичным методом, так же как и при расчетах линейным, желательно разбивать на ветви. Но, этот процесс можно продолжать до бесконечности. У каждой большой ветви всегда найдутся и более малые. Так что, для правильности расчета нам необходимо продолжать разбивать на ветви до бесконечности?

Это - просто детский сад. По аналогии, длину автомобиля в сантиметрах нельзя измерять, потому что в сантиметре есть более малые миллиметры, а там микроны, а там ангстремы - это что, получается, можно измерять до бесконечности?

Нет, просто здравый смысл подсказывает, какой точностью можно ограничиться в каждом данном случае. Да, в ряде случаев приходится разбивать далее на подветви, если видно, что они разного размера, то есть "разного веса". А если ветвей примерно одинаково, то и разбивать не надо, оно само учтется при расчетах.

А если ветви разного размера, то любой метод "чохом" даст неверные данные, только квадратичный даст намного более неверные, поскольку разница между ветвями возводится в квадрат, и ошибка зашкаливает.

Я уже приводил пример, когда некий Майка посчитал серию гаплотипов группы G с помощью "калькулятора Нортведта", который на ветви не разбивает и мульти-копийные маркеры не учитывает, и получил 9 тысяч лет до общего предка. А потом пересчитал правильно, и получил 3600 лет.

Публично признал свою ошибку на Форуме RootsWeb.

А вы, не моргнув глазом, пишете - "То, что линейный метод занижает возраст субклада - это уже давно известно". Вы вообще представляете себе глубину Вашего непонимания вопроса?

>Нам просто необходимо знать, что все ветви (гаплотипы) принадлежат единому субкладу.

Опять непонимание. Когда субклад древний, он расходится на ветви. То есть ветви, возможно, и есть под-субклады, но их еще не идентифицировали. Только что нашли субклад R1b-DF23, который находится между L21 и М222, а он дает свою ветвь. Если не строить дерево, а просто принять "субклад", то вот и неправильный расчет.

Так что продолжайте учить материальную часть. Хотя я это Вам уже раз двадцать советовал. И не один я.

И. Рожанский:

>Цитата(Ostan @ 17.5.2012, 16:11) Нам просто необходимо знать, что все ветви (гаплотипы) принадлежат единому субкладу. И ничего страшного, если для одной выборки мы получим меньший возраст. Просто представители этой выборки имели более позднего предка, чем для всего субклада.

Принципиально неверное положение, есля я правильно понял вашу мысль.

Принадлежность к одному субкладу - условие необходимое, но не достаточное. Субклад может оказаться состоящим из сильно расходящихся или, наоборот, сильно перекрывающихся ветвей, что при счете "поперек" дадут фантомного предка с фантомным базовым гаплотипом. Вспомните пресловутый модальный гаплотип коэнов. Формально, его обладатели принадлежат к одному субкладу (J), но счет чохом дает ошибку в разы. А ведь сколько разговоров было.

Чтобы не быть голословным, вернусь к примеру с субкладом L342.2.

Давайте возьмем его выборку, скажем, по Германии, Украине, Киргизии и Индии. Вне зависимости от метода, самый ранний предок попадет в Индию, представленную разрозненными гаплотипами из родительской ветви, а самый недавний - на Украину, где безусловно доминирует ашкеназийская ветвь. Немногим старше окажется предок в Киргизии, а в Германии, где L342.2 мало, время будет скакать при добавлении или изъятии отдельных гаплотипов. Какой последует вывод? Видимо, такой, что предок "украинской" ветви субклада более поздний, чем "индийской". Не иначе, Индия - его родина. Так?

Давайте теперь уберем из выборок ашкеназийскую ветвь, для которой, кстати, еще не найден свой снип. То есть, формально субкладом она не является. Все поменяется с точностью до наборот - на Украине и в Германии останутся единичные (пока) гаплотипы, очень далеко убегающие от всех остальных (к примеру, наши форумчане Годыня и ett), на фоне которых индийская выборка окажется того же возраста или даже моложе.

Как прикажете поступать - придерживаться буквы ISOGG или все же делить на ветви и считать отдельно? Или квадратичный метод, как по мановению волшебной палочки, выправит все перекосы и даст время до реального предка? Сильно сомневаюсь, он не лучше и не хуже линейного, если мы имеем дело с хорошо сходящейся ветвью и принимаем во внимание несколько различающиеся калибровки. Уповать на его исключительность, это все равно, что настаивать, что автомобиль, у которого спидометр откалиброван в милях в час, расходует меньше бензина, чем тот, у которого привычные нам километры.

Что касается рассуждений о бесконечном дроблении на ветви, которым якобы страдает линейный метод, то это вариант апории об Ахиллесе и черепахе, не находите? Это совершенно не обязательно делать, если дочерние ветви раскиданы по дереву более-менее равномерно. Случай с субкладом Q1a1a1 (M3) как раз попадает в эту категорию. Другой показательный пример - ветвь J1c3d2 (L222.2), в которой имеется несколько молодых компактных подветвей. Однако, счет по базовым гаплотипам подветвей, всей выборке в целом и выборке за вычетом подветвей дает одну и ту же датировку, что с точностью до ±100 лет совпадает с временем жизни Аднана, вычисленному по традиционным арабским родословным. Метод расчета тут совершенно ни при чем.

Есть достаточно простой способ определить, насколько точной будет оценка времени до предка. Это (А) общий вид дерева и (Б) соответствие количества базовых гаплотипов в выборке общему числу мутаций. На эту тему было немало статей в Вестнике и дискуссий на форуме, не буду лишний раз повторяться. Если проверка покажет, что выборка неоднородна, даже в пределах одного субклада, то НИКАКОЙ метод не даст правильного результата. Случайное совпадение возможно, но как его опознать?

И, наконец, забудьте про разбивку выборок по территориальному принципу, чем так любят заниматься попгенетики. Если у какой-либо однородной ветви был общий предок, живший, допустим, в Саудовской Аравии, это совсем не значит, что выборка там даст более старый возраст, чем, скажем, в Тунисе. В идеале, он должен быть одним и тем же.

Специально подчеркнул слово "однородной", потому что часто имеются дочерние ветви, привязанные к определенной территории. Собственно, именно они часто дают подсказку о возможных путях миграций, а вовсе не бездумные расчеты по отдельно взятым регионам.

Ostan:

Ну я не буду поднимать дискуссию вновь. Мне это просто не интересно.

Разбирать все возможные случаи просто уже не имеет смысл, поскольку все уже разобрано. Я всегда с удовольствием разбираю деревья, которые строит Игорь Львович. У меня с ним по узлам всегда полное соответствие. А вот то, что эти деревья обряжены в короткие штанишки - это всегда режет глаз. Ну и что, так и будем в коротких штанишках бегать? Да еще с не прикрытыми развилками. А эти штанишки еще укоротятся, стоит только перейти на 111маркерные гаплотипы. Я еще ни разу не видел расчета линейным методом на 111-маркерных гаплотипах. В квадратичном методе 100% соответствие с расчетами на 67-маркерах. А вот в линейном разница составит не 10-15%, а уже 20-30%. Опять будем скорости корректировать?

Игорь Львович, несмотря на то, что у меня пока так и не появилось время, я все-таки рассмотрел вашу задачу по субкладу Z93. Напомню постановку задачи. Разделение основных субкладов R1a по вашим вычислениям произошло около 5500 лет тому назад. В это время и выделился субклад Z93.

Но ваш расчет, проведенный линейным методом дает время до общего предка около 4500 лет тому назад. Т.е. в ДНК-генеалогической летописи появляется лакуна размером около 1000 лет. В течение этого периода времени нам ничего не известно об этой ветви R1a. То ли представители этой ветви жили в неизвестном пока месте, то ли их потомки не выжили, или мы пока не обнаружили древних ветвей, которые ведут начало из этого периода времени. Короче, все умерли. Но другие методы расчета такой лакуны не показывают. В частности, как мною было показано в теме "Калибровка скоростей мутации", линейный метод на таких дистанциях дает заниженное значение времени до общего предка. Это связано с тем, что формула Клесова-Адамова применяется к усредненному значению скорости мутации в маркерах и, рассчитанная таким образом компенсация на возвратные мутации получается намного меньше, чем если бы формула использовалась отдельно для каждого маркера. Для рассмотренного диапазона было показано, что поправочный коэффициент надо использовать 1,375 вместо 1,17. Это и приводит линейный расчет по средним значениям к меньшему на 17% результату. Таким образом, линейный расчет должен дать не 4500 лет до общего предка, а 5300.

Последнее значение практически и закрывает эту лакуну.

Но давайте разберем эту задачу по порядку. Я выделил 107 67-маркерных гаплотипов, которые были точно проснипованы как принадлежащие субкладу Z93. Расчет мутаций по линейному методу дает 1942 мутации. С учетом поправки на обратные мутации по формуле Клесова-Адамова получаем 2244 мутации, что дает время до общего предка 2244/107*208 = 4360±200 лет. Однако, я не поленился и просчитал результат, который получается если использовать формулу Клесова-Адамова для каждого маркера. После суммирования по маркерам получаем 2712 мутаций, что дает время до общего предка 2712/107*208 = 5270±200 лет. Как видно, с учетом случайных возмущений, мы получаем такой же результат, что и приближенным методом.

Рассмотрим тот же расчет квадратичным методом. Подсчет мутаций в этом случае дает 2835 мутаций. Соответствующий расчет с учетом степеней свободы 107-1 =106, дает 2835/106*203 = 5430±200. Это несколько больше, чем расчет по линейному методу, но разница в пределах допуска.

Существует мнение, что квадратичный метод дает больший разброс, чем линейный. Однако, как я уже писал, что если для определения базового гаплотипа использовать принцип минимума дисперсий, то разброс существенно снижается. В частности, для этой задачи был получен следующий базовый гаплотип:

13-25-16-11-11-14-12-12-10-13-11-30 -- 15-9-10-11-11-24-14-20 32-12-15-15-16 -- 11Z-93) Этот гаплотип находится в непосредственной близости с соседними субкладами. В частности с базовым субкладом Z280+Z92+ его отделяют только 12 мутаций, что относит точку разделения субкладов к тем же лет.

Можно также провести проверку расчетов на базе другой статистической гипотезы. Если мутации считать не по столбцам (маркерам), а построчно по гаплотипам, то результат каждой строки покажет количество мутаций от базового гаплотипа до каждого конкретного гаплотипа. Эта усредненная дистанция и будет возрастом субклада. При постулировании Гаммараспределения, т.е. при переходе от дискретного геометрического распределения к непрерывному экспоненциальному (Гаммараспределению), при фиксированном возрасте, мы получим распределение Пуассона. Т.е. дистанции от каждого гаплотипа до базового будут подчиняться распределению Пуассона. В этом случае, сумму мутаций по строкам, а она не отличается от суммы мутаций по столбцам, следует разделить на количество гаплотипов. В итоге получаем из рапределения Пуссона 2835/107 = 26,5±11 мутаций. Это и будет средним количеством мутаций от базового гаплотипа. Соответственно, возраст субклада составит 26,5*208 = 5500±200 лет, что практически не отличается от предыдущих оценок.

Как видно из предыдущих примеров, возраст субклада Z93 приближается к времени разделения субкладов и практически закрывает образованную линейным расчетом лакуну. Следствием закрытия этой лакуны является то, что мы при исторической интерпретации распространения субклада просто вынуждены обратиться к ямной археологической культуре. Ранее, обычно ямную культуру мы приписывали R1b. Такого же мнения придерживался и я. Но последние открытия субклада R1b1a2a в Армении и Башкирии позволили предположить, что субклад R1b появился в регионе ямной культуры из майкопской культуры. Майкопская северная ветвь безусловно оказала влияние на ямную культуру, но основным субкладом ямной культуры следует считать R1a Z93. Этот субклад ямной культуры можно считать наследием хвалынской культуры. Сейчас датировки хвалынской культуры весьма приблизительны, но они колеблятся в интервале 6000-5000 лет тому назад. Из этих датировок наиболее вероятна датировка 5600 лет тому назад. А это практически совпадает с временем разделения субкладов R1a.

Принадлежность ямников субкладу Z93 является довольно неожиданным результатом. Но, с другой стороны, какая из известных культур могла так разнести субклад? От Англии и Шотландии до Хакасии и Киргизии. И от Индии до Башкирии.

А. Клёсов >Разделение основных субкладов R1a по вашим вычислениям произошло около лет тому назад. В это время и выделился субклад Z93. Но ваш расчет, проведенный линейным методом дает время до общего предка около 4500 лет тому назад. Т.е. в ДНК-генеалогической летописи появляется лакуна размером около 1000 лет. В течение этого периода времени нам ничего не известно об этой ветви R1a.

Первые две фразы в целом верны. Далее - не понято и неверно.

В статье Rozhanskii & Klyosov, которая прошла рецензирование и скоро появится, и в которой описаны все известные на сегодня 38 ветвей гаплогруппы R1a в Европе и вышедшие из Европы, показано, что субклад Z93 образовался 5700 лет назад.

Вы путаете время образование ветви (или субклада) и время прохождения бутылочного горлышка популяцией, ветвью, или прочим образованием, по которому рассчитывают время данной популяции до общего предка.

>Я выделил 107 67-маркерных гаплотипов, которые были точно проснипованы как принадлежащие субкладу Z93.

Опять не понимаете, что Z93 состоит из нескольких ветвей, у каждой свой базовый гаплотип и свой общий предок. В цитированной выше статье построено дерево из 203 67-маркерных гаплотипов субклада Z93, то есть выборка вдвое больше вашей, и показано, что она состоит из пяти ветвей евреи, башкиры, киргизы, и две разных ветви L657+.

А поскольку вы на ветви не разделяете, у вас всегда будет неверно, кроме тех случаев, когда ошибки случайно компенсируются.

>В частности, как мною было показано в теме "Калибровка скоростей мутации", линейный метод на таких дистанциях дает заниженное значение времени до общего предка.

Опять путаете. Как вам было показано, и не один раз, не линейный метод дает занижение, а квадратичный метод, исполненный неправильно, дает завышение. Это именно и есть ваш случай.

>С учетом поправки на обратные мутации по формуле Клесова-Адамова получаем 2244 мутации, что дает время до общего предка 2244/107*208 = 4360±200 лет. Однако, я не поленился и просчитал результат, который получается если использовать формулу Клесова-Адамова для каждого маркера.

После суммирования по маркерам получаем 2712 мутаций, что дает время до общего предка 2712/107*208 = 5270±200 лет.