На правах рукописи

ХУТОРНЕНКО Анастасия Александровна

Активация опухолевого супрессора р53 при ингибировании

III комплекса дыхательной цепи митохондрий

03.01.03 – молекулярная биология

Автореферат

диссертации на соискание ученой степени

кандидата биологических наук

Москва – 2012

Работа выполнена на Факультете биоинженерии и биоинформатики и в отделе химии и биохимии нуклеопротеидов НИИ физико-химической биологии имени А.Н. Белозерского Федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования “Московский государственный университет имени М.В.Ломоносова”

Научный руководитель:

доктор химических наук Евстафьева Александра Георгиевна

Официальные оппоненты:

Копылов Алексей Михайлович, доктор химических наук, Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования государственный университет имени М.В.Ломоносова”, химический “Московский факультет, профессор.

Кравченко Юлия Евгеньевна, кандидат биологических наук, Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт молекулярной биологии им. В.А.

Энгельгардта Российской академии наук, научный сотрудник.

Ведущая организация:

Научно-исследовательский институт канцерогенеза ФГБУ «Российский онкологический научный центр имени Н.Н.Блохина»  РАМН

Защита состоится 11 октября 2012 года в на заседании Совета Д 501.001.76 по защите докторских и кандидатских диссертаций при Московском государственном университете имени М.В.Ломоносова по адресу: 119991 Москва, Ленинские горы, МГУ, Биологический факультет, ауд. 389.

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке Биологического факультета МГУ имени М.В.Ломоносова.

Автореферат разослан сентября 2012 года.

Ученый секретарь диссертационного совета, кандидат биологических наук   И.А. Крашенинников   1  

ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ

Актуальность проблемы. Опухолевый супрессор р53 – это ключевой регуляторный белок клетки, который является транскрипционным фактором. Активация p53 происходит в ответ на различные стрессы (например, окислительный стресс, повреждения ядерной и митохондриальной ДНК, ингибирование репликации и транскрипции ДНК, гипоксию) и определяет дальнейшую судьбу клетки: произойдет ли остановка клеточного цикла для преодоления последствий стресса или включится механизм программируемой клеточной смерти. Белок p53 находится на пересечении множества сигнальных путей, участвуя в таких процессах, как поддержание стабильности клеточного генома, регуляция апоптоза, клеточного цикла, аэробного и анаэробного дыхания и многих других. Повышенное внимание к р53 определяется, прежде всего, ключевой ролью этого белка в защите от рака.

Нарушения функционирования p53 наблюдаются в большинстве опухолей человека.

Митохондрии играют двоякую роль – как «энергетические станции» клетки и как медиаторы ряда регуляторных путей, включая индукцию апоптоза. Дыхательная цепь (ДЦ) или цепь переноса электронов (ЦПЭ) митохондрий состоит из интегрированных во внутреннюю митохондриальную мембрану мультикомпонентных белковых комплексов I – IV, которые катализируют перенос электронов от NADH на молекулярный кислород.

Описано множество случаев “митохондриальных заболеваний”, обусловленных, как правило, дефектами дыхательной цепи митохондрий. Клетки с дефектами в дыхательной цепи склонны к апоптозу, и усиленная потеря клеток, таким образом, является важным следствием митохондриальных дисфункций, связанных с возрастом. Есть связь между нарушением работы митохондрий и увеличением генерации активных форм кислорода, весьма опасных для клетки.

Таким образом, дыхательная цепь митохондрий и р 53 являются системами, определяющими судьбу клеток в организме на протяжении его жизни, а также участвующими в его патофизиологии.

На сегодняшний день в литературе существует мало данных относительно сигналов от митохондрий, приводящих к активации р 53. Кроме того, эти данные зачастую противоречивы. Систематического исследования влияния ингибирования каждого из комплексов ДЦ митохондрий на уровень и активность белка р 53 не проводилось. В настоящей работе такое исследование проведено впервые.

Выявление новых путей и механизмов активации опухолевого супрессора р 53 и индукции р53 -зависимого апоптоза несет в себе потенциал для разработки новых стратегий антираковой терапии и создания лекарств нового поколения.

Цели исследования.

Целью настоящей работы было изучение механизма активации опухолевого супрессора р53 в ответ на ингибирование III комплекса дыхательной цепи митохондрий.

Научная новизна и практическая значимость. Ни один белок не изучается так интенсивно, как опухолевый супрессор р53. Однако данные о влиянии ингибирования дыхательной цепи митохондрий на уровень и активность р 53 в научно-информационных источниках малочисленны и противоречивы. С одной стороны, показано, что для активации р53 под действием некоторых стрессов необходима ненарушенная работа митохондриальной дыхательной цепи. При действии ингибиторов ДЦ митохондрий в отсутствие активирующего р 53 агента наблюдали как снижение базального уровня р под действием ротенона и олигомицина, так и накопление р53 под действием ротенона и антимицина А. Behrend и др. (2005) связали активацию р 53 под действием ротенона и антимицина А со снижением митохондриального мембранного потенциала (ММП) и предположили существование общего механизма активации р 53 в результате разобщения окислительного фосфорилирования.

В нашей работе впервые показано, что ингибирование именно III комплекса ДЦ приводит к активации р 53, сопровождающейся р53 -зависимым апоптозом, в то время как ингибирование I, II или IV комплексов существенного влияния на р 53 не оказывает. При этом разобщители окислительного фосфорилирования не приводили к заметному увеличению уровня и активности р53, что свидетельствует против гипотезы Behrend и др. о ключевой роли деполяризации митохондриальной мембраны в активации р53.

Исследуя механизм этого явления, мы обнаружили, что причиной активации р является нарушение работы дигидрооротат дегидрогеназы (ДГОДГ), одного из ферментов пути биосинтеза пиримидинов в клетке. ДГОДГ – это белок, встроенный во внутреннюю митохондриальную мембрану, его функционирование сопряжено с III комплексом ДЦ митохондрий через убихинон, акцептирующий электроны при окислении дигидрооротата.

То, что ингибирование ДГОДГ должно приводить к активации р 53, было предсказано ранее, но не было подтверждено экспериментально. Таким образом, наша работа впервые экспериментально продемонстрировала, что биосинтез пиримидинов de novo является связующим звеном между дыхательной цепью митохондрий и о пухолевым супрессором р53.

В настоящее время, как ни странно, нет общепринятого молекулярного механизма активации р 53 при дефиците пиримидиновых нуклеотидов. Ингибирование биосинтеза пиримидинов должно приводить к нарушениям синтеза РНК и ДНК. Нарушение репликации ДНК обычно сопровождается генотоксическим стрессом и, вследствие этого, стабилизацией и активацией р 53. Такой механизм недавно был предложен для активации р53 в фибробластах человека при действии ингибитора биосинтеза пиримидинов PALA.

Однако в раковых клетках, с которыми мы работаем, возрастание уровня р 53 при ингибировании III комплекса ДЦ митохондрий не коррелировало с ключевой для генотоксического стресса модификацией, фосфорилированием р по Следовательно, в нашем случае работает к акой-то другой механизм активации р 53. И осуществляющие защиту р 53 от убиквитин-независимой деградации в 20S протеосомах, вносят вклад в стабилизацию р53 при ингибировании III комплекса ДЦ митохондрий.

Публикации и апробация работы. Материалы работы были представлены на международных конференциях “Ломоносов-2008” (Москва, 2008), “Ломоносов-2009” (Москва, 2009), “Биология – наука XXI века” (Пущино, 2010), “Геномика и биология клетки” (Москва, Звенигород, 2010), 36th FEBS Congress ‘Biochemistry for tomorrow’s medicine’ (Torino, Italy, 2011). По материалам диссертации опубликована 1 статья в международном журнале.

Структура и объём работы. Диссертация изложена на _ странице машинописного текста и содержит следующие разделы: введение, обзор литературы, материалы и методы, результаты и их обсуждение, выводы и список литературы. Материал иллюстрирован рисунками и _ таблицами. Библиографический указатель включает _ цитированных работ.

СОДЕРЖАНИЕ РАБОТЫ

1. Ингибирование III комплекса ДЦ митохондрий приводит к увеличению уровня и транскрипционной активности р Опухолевый супрессор р53 – транскрипционный фактор, который активируется в клетке в ответ на различные стрессы. Нарушение работы митохондрий является серъезным стрессом для клеток, приводящим к возникновению различных патологических состояний в организме человека. В функционировании митохондрий важную роль играет дыхательная цепь (ДЦ), состоящая из нескольких многосубъединичных комплексов (I-IV). Мы систематически исследовали, как нарушение работы разных участков дыхательной цепи влияет на активность р53 в эпителиальных раковых клетках человека.

Значительное увеличение уровня р 53 в клетках рака толстой кишки RKO наблюдалось после их обработки ингибиторами III комплекса дыхательной цепи митохондрий миксотиазолом (MXT), стигмателлином (STG) и антимицином А (ANT) (Рис. 1, А). Под действием ингибитора I комплекса ДЦ, пирицидина (PRC), было заметно небольшое снижение уровня р 53 (Рис. 1, А). Обработка клеток TTFA, ингибитором II комплекса ДЦ, и KCN, ингибитором цитохром с оксидазы (IV комплекса ДЦ), не приводила к изменению уровня р53 в клетках. С помощью иммуноблота лизатов клеток рака шейки матки HeLa мы также наблюдали зн ачительное увеличение уровня р 53 под действием миксотиазола (MXT) и стигмателлина (STG), однако практически никакого эффекта не было видно в результате действия пирицидина (PRC) (Рис. 1, Б). Похожие результаты были получены на клетках рака легкого А549 и клетках рака толстой кишки HCT116 (не показано).

Далее изучали влияние ингибиторов ДЦ митохондрий на транскрипционную активность р 53. Для измерения транскрипционной активности р 53 клетки HeLa трансфицировали плазмидой, несущей ген люциферазы (luc) под контролем р53 зависимого промотора, а также плазмидой, несущей ген lacZ под контролем конститутивного промотора, для нормировки. Транскрипция значительно усиливалась при обработке клеток HeLa ингибиторами III комплекса дыхательной цепи миксотиазолом (MXT) и стигмателлином (STG) и в меньшей степени усиливалась под действием антимицина А (ANT) (Рис. 1, В). Ингибиторы I комплекса пирицидин (PRC), II комплекса TTFA и IV комплекса KCN не влияли на уровень транскрипции р53 зависимого репортерного гена (Рис. 1, В). При оценке репортерной активности в клетках других линий (RKO, A549) были получены похожие результаты, хотя эффекты были менее выраженными. Поскольку репортерная система работала наилучшим образом в клетках HeLa, то для изучения транскрипционной активности р53 использовали именно эту клеточную линию.

Рис. 1. Влияние ингибиторов ДЦ митохондрий на уровень и транскрипционную активность р53 в клетках. Клетки RKO (А) или клетки HeLa (Б, В) инкубировали с 2 мкМ миксотиазола (MXT), 1 мкМ стигмателлина (STG), 2 мМ антимицина А (ANT), 2 мкМ пирицидина (PRC), 100 мкМ TTFA или 5 мМ KCN в течение 18 часов, затем уровень р53 (А, Б) анализировали методом иммуноблотинга с антителами к р 53 и к актину в качестве контроля нанесения.

Для измерения транскрипционной активонсти р 53 клетки HeLa трансфицировали плазмидой, несущей ген люциферазы под контролем р53 -зависимого промотора, а также плазмидой, несущей ген lacZ под контролем конститутивного промотора, для нормировки;

затем клетки инкубировали с ингибиторами, как указано выше, и измеряли люциферазную активность, которую нормировали на -галактозидазную активность в лизатах этих клеток (В). Справа на рисунке показана схема ДЦ митохондрий, указаны ингибиторы для каждого из комплексов дыхательной цепи.

На основании полученных данных мы сделали вывод о том, что увеличение уровня и активности р 53 в клетках связано с ингибированием ДЦ митохондрий в определенном участке, а именно, в области III комплекса (цитохром bc1 комплекса) ДЦ митохондрий, но не с ингибированием работы других комплексов (I, II или IV) дыхательной цепи.

Известно, что р 53 накапливается в ядрах в ответ на повреждение ДНК и другие в иды клеточного стресса, но он также может перемещаться в митохондрии в ответ на определенные стимулы. Мы показали с помощью иммунофлюоресцентной микроскопии, что в необработанных клетках линии RKO виден только фоновый сигнал от р53 в ядрах и цитоплазме. После инкубации клеток с миксотиазолом в течение 18 часов наблюдалось значительное усиление сигнала от р53 в ядрах (Рис. 2).

Рис. 2. Внутриклеточная локализация активированного под действием миксотиазола р53.

Иммунофлюоресцентное окрашивание р 53 в клетках RKO без обработки ингибиторами (Контроль) и обработанных миксотиазолом в течение 18 часов. Для детекции р53 в клетках использовали антитела, меченные Alexa Fluor 555 (красный). Ядра окрашивали специфическим красителем Hoechst 33342 (синий).

Таким образом, индуцированный при ингибировании III комплекса ДЦМ р накапливается в ядрах клеток.

2. Причина индукции р53 при ингибировании III комплекса ДЦМ Далее встал вопрос относительно того, что служит причиной индукции р53 при ингибировании III комплекса ДЦ митохондрий.

2.1 Образование активных форм кислорода р53 – это транскрипционный фактор, весьма чувствительный к изменениям редокссостояния внутри клетки. Он может активироваться в ответ на окислительный стресс, вызванный активными формами кислорода (АФК). Митохондрии являются основным внутриклеточным источником АФК, которые образуются в качестве побочных продуктов при аэробном дыхании.

Методом цитофлуориметрии нами было показано, что при ингибировании III комплекса ДЦМ миксотиазолом происходит небольшое увеличение АФК в клетках.

Добавление к клеткам пероксида водорода, который сам является активной формой кислорода, также приводит к увеличению уровня АФК в клетках (Рис. 3, А-Б, пунктирная линия). Общеизвестный антиоксидант N-ацетил цистеин (NAC) препятствует образованию АФК под действием миксотиазола и пероксида водорода (Рис. 3, А -Б, зеленый или серый пик).

Рис. 3. N-ацетил цистеин предотвращает образование АФК под действием ингибитора III комплекса ДЦМ миксотиазола, а также под действием пероксида водорода. Клетки HeLa (А) или RKO (Б) инкубировали с 2 мкМ миксотиазола или 200 мкМ пероксида водорода отдельно (Myxothiazol или H2O2, пунктирная линия) или совместно с 10 мМ NAC (Myxothiazol+NAC или H2O2+NAC, зеленый или серый пик) в течение 18 часов, затем к клеткам добавляли чувствительный к АФК краситель DCF-DA, и уровень АФК измеряли с помощью проточного цитофлуориметра. FL1 – флуоресценция DCF-DA; в скобках на графиках указано среднее положение пика по горизонтальной оси (то есть, среднее значениие интенсивности флуоресценции DCF-DA в клетках).

Однако NAC не влияет существенно на накопление (Рис. 4, А) или активации (Рис. 4, В) р 53 под действием ингибиторов III комплекса ДЦ митохондрий, в то время как он полностью предотвращает индукцию р53 под действием пероксида водорода (Рис. 4, Б).

Рис. 4. NAC не препятствует накоплению и активации р 53 при ингибировании III комплекса ДЦ, но предотвращает накопление р53 под действием пероксида водорода. А, Б.

Оценка уровня р 53 с помощью иммуноблота в лизатах клеток RKO, инкубированных с мкМ антимицина А (ANT), 2 мкМ миксотиазола (MXT), 1 мкМ стигмателлина (STG) или 300 мкМ H2O2 отдельно или совместно с 10 мМ NAC в течение 18 часов. В. Измерение люциферазной активности для оценки уровня р53-зависимой транскрипции в клетках HeLa, обработанных 2 мкМ антимицина А (ANT), 2 мкМ миксотиазола (MXT) или 1 мкМ стигмателлина (STG) отдельно или совместно с 10 мМ NAC.

Таким образом, активация р 53 под действием ингибиторов III комплекса ДЦ митохондрий в существенной степени является независимой от АФК.

2.2 Падение мембранного потенциала Для проверки того, не является ли индукция р 53 под действием ингибиторов III комплекса ДЦ митохондрий следствием снижения митохондриального мембранного потенциала (ММП), клетки (наряду с миксотиазолом) были обработаны различными разобщителями окислительного фосфорилирования, такими как SF (3,5-ди-терт-бутил-4гидроксибензилиденмалононитрил), TTFB (4,5,6,7-тетрахлоро-2-трифторметилбензимидазол), FCCP (трифторкарбонилцианид фенилгидразон) и DNP (динитрофенол).

Для оценки уровня ММП клетки окрашивали потенциал-зависимым митохондриальным красителем TMRM, и качественное изменение ММП изучали с помощью конфокальной микроскопии. Спустя 4 часа инкубации с миксотиазолом мы наблюдали дробление митохондрий, однако мембранный потенциал в них сохранялся, в то время как после часов инкубации с разобщителем (FCCP) происходило дробление митохондрий и значительное падение электрохимического потенциала на их мембранах (Рис. 5). Тем не менее, обработка клеток разобщителями, в отличие от миксотиазола, не приводила к заметному увеличению уровня опухолевого супрессора р53 (Рис. 6, А) или к усилению его транскрипционной активности (Рис. 6, Б). В свою очередь, разобщители не предотвращали активацию р53 под действием миксотиазола (не показано).

Рис. 5. Влияние ингибитора III комплекса ДЦ (миксотиазола) и разобщителя (FCCP) на ММП. Клетки RKO инкубировали в течение 4 часов с 2 мкМ миксотиазола или с 1 мкМ FCCP, затем окрашивали потенциал-зависимым митохондриальным красителем TMRM и изменение уровня ММП изучали с помощью конфокальной флуоресцентной микроскопии.

Рис. 6. Влияние разобщителей окислительного фосфорилирования на индукцию р53.

А. Оценка уровня р53 с помощью иммуноблота лизатов клеток RKO, обработанных 2 мкМ миксотиазола (MXT), разобщтелями: 0,4 мМ динитрофенола (DNF), 5 мкМ TTFB (TTFB), мкМ FCCP (FCCP), 1 мкМ SF (SF), или клеток без обработки (C). Б. Измерение люциферазной репортерной активности для оценки р53-зависимой транскрипции в лизатах клеток HeLa, обработанных аналогично клеткам RKO (А).

Эти результаты свидетельствуют о том, что снижение митохондриального мембранного потенциала не является причиной увеличения уровня и активности р 53 под действием ингибиторов III комплекса ДЦ митохондрий.

2.3 Падение уровня пиримидинов С цепью переноса электронов сопряжен один из метаболических путей в клетке – путь биосинтеза пиримидинов de novo. Единственный митохондриальный фермент этого пути – дигидрооротат дегидрогеназа (DHODH), флавопротеин, интегрированный во внутреннюю мембрану митохондрии и осуществляющий окисление дигидрооротата до оротата (Рис. 7).

Рис. 7. С дыхательной цепью митохондрий функционально связан фермент пути биосинтеза пиримидинов, дигидрооротат дегидрогеназа (DHODH). Окисленный убихинон (UQ) принимает электроны от комплекса I, комплекса II и DHODH, восстанавливается до убихинола (UQH2), который затем отдает электроны на комплекс III.

Методом жидкостной хроматографии мы измерили уровень пуринов и пиримидинов в клетках RKO после их обработки ингибиторами ДЦ митохондрий. Под действием миксотиазола, как и под действием специфического ингибитора DHODH лефлюномида, происходило снижение уровня пиримидинов (уридина и цитидина – U и rC, соответственно) в клетках, в то время как уровень пуринов (аденозина и гуанозина – rA и rG, соответственно) не изменялся (Рис. 8, лефлюномид – зеленые столбцы, миксотиазол – фиолетовые, контроль без обработок – синие). Обработка клеток ингибитором IV комплекса ДЦ KCN не приводила к изменению уровней ни пуринов, ни пиримидинов (Рис.

8, KCN – красные столбцы).

Рис. 8. При ингибировании III комплекса ДЦ митохондрий происходит падение уровня пиримидинов. Клекти RKO инкубировали с 2 мкМ миксотиазола, 50 мкМ лефлюномида или 5 мМ KCN в течение 18 часов, затем лизировали и из лизатов выделяли нуклеотиды, уровень которых, после дефосфорилирования, анализировали методом ультра-эффективной жидкостной хроматографии. Приведены значения, нормированные на количество каждого из нуклеозидов в контрольном образце.

Аналогично миксотиазолу, под действием ингибитора DHODH лефлюномида происходило увеличение уровня р 53 в клетках RKO (Рис. 9, А ). Добавление к клеткам продуктов DHODH, оротата и далее образуемого в пути биосинтеза пиримидинов уридина, предотвращали накопление (Рис. 9, Г и Б, соответственно) и активацию р53 (Рис. 9, Д и В, соответственно) под действием миксотиазола, в то время как добавление субстрата дигидрооротата, не препятствовало индукции р 53 при ингибировании III DHODH, комплекса ДЦ (Рис. 9, Г и Д).

Рис.9. При ингибировании III комплекса ДЦ митохондрий нарушается работа DHODH, фермента пути биосинтеза пиримидинов. А. Инкубация клеток RKO с ингибитором DHODH лефлюномидом (LFL) приводит к увеличению уровня р 53 в этих клетках.

Б, В. Восполнение пула пиримидинов при добавлении к клеткам RKO или HeLa уридина (URD) предотвращает накопление (Б) или активацию (В) р53 под действием миксотиазола (MXT). Г, Д. Добавление к клеткам RKO или HeLa продукта DHODH оротата (ORT) предотвращает накопление (Г) или активацию р53 (Д) под действием миксотиазола (MXT), а добавление субстрата DHODH дигидрооротата (DHO) не препятствует такой индукции р53 в клетках RKO (Г) и HeLa (Д).

Таким образом, мы показали, что основной механизм стабилизации и активации р при нарушении работы III комплекса ДЦ митохондрий – ингибирование дигидрооротатдегидрогеназы (DHODH) и, как следствие, падение уровня пиримидинов.

3. Механизм стабилизации р53 при ингибировании III комплекса ДЦ митохондрий Пути деградации р53 в клетках В клетках в норме уровень р53 довольно низкий за счет его деградации в 26S и в 20S протеасомах. Mdm2 и другие Е3-убиквитинлигазы полиубиквитинилируют р53, направляя его в 26S протеасомы. Этот процесс нарушается при стрессах, под действием которых происходит фосфорилирование р53 по ряду остатков серина и треонина или усиливается экспрессия белка p14Arf. Опухолевый супрессор р 53 может стабилизироваться также в результате взаимодействия с NAD(P)H:хинон оксидоредуктазой 1 (NQO1) и NRH:хинон оксидоредуктазой 2 (NQO2). Такое взаимодействие препятствует убиквитин-независимой деградации р53 в 20S протеасомах (Рис. 10).

Рис. 10. Два пути деградации р53: 1) убиквитин-зависимый путь деградации р53 в 26S протеасомах (Е3-убиквитинлигаза Mdm2 полиубиквитинилирует р53, направляя его, таким образом, на деградацию в 26S протеасомы); 2) убиквитин-независимый путь деградации в 20S протеасомах (взаимодействие р53 с NQO1 и NQO2 препятствует такой деградации).

А) Путь убиквитин-зависимой деградации р 3.1 Стабилизация р53 в результате его модификации В клетке в нормальных условиях белок р 53 нестабилен в связи с процессами деградации, инициаторами которой является ряд Е3 убиквитинлигаз, среди которых Mdm является наиболее изученной. В результате клеточного стресса (например, повреждения ДНК или нарушения процесса транскрипции) Mdm2-опосредованная негативная регуляция р53 ослабляется, и уровень белка р 53 в клетке растет. Такое накопление р53 может осуществляться с помощью фосфорилирования р 53 и Mdm2, что ведет к разрушению взаимодействия между ними. Фосфорилирование Ser15 в р53 считается ключевым и одним из первых в ряду событий фосфорилирования под действием генотоксического стресса. Это способствует дальнейшим модификациям и стабилизации р53.

Для проверки того, происходит ли фосфорилирование р53 по Ser15 при ингибировании III комплекса дыхательной цепи митохондрий, мы обрабатывали клетки RKO и А миксотиазолом и анализировали лизаты этих клеток с помощью иммуноблота с антителами к фосфорилированному по Ser15 белку р53. В то время как обработка клеток известными активаторами р53, индукторами генотоксического стресса 5-фтороурацилом и этопозидом, как и ожидалось, п риводила к значительному фосфорилированию р 53 по Ser15, никакого фосфорилирования по этому сайту не было детектировано после инкубации клеток с миксотиазолом (Рис. 11).

Рис.11. Детекция фосфорилированного р 53 по Ser15 с помощью иммуноблота в лизатах клеток RKO и А549, инкубированных с 2 мкМ миксотиазола (MXT), 10 мкг/мл 5фтороурацила (5-FU), 50 мкМ этопозида (ETP) в течение 18 часов или в лизатах необработанных клеток (C). На приведенном иммуноблоте верхняя панель с антителами к фосфорилированному по Ser15 р53, средняя – с антителами к р53, а нижняя – с антителами к актину.

Таким образом, фосфорилирование р53 по Ser15 не вносит вклад в активацию р53 при ингибировании III комплекса ДЦ митохондрий.

Важным регулятором Mdm2-зависимой деградации р53 является опухолевый супрессор p14ARF (ARF). Под действием онкогенов экспрессия ARF усиливается на транскрипционном уровне. Связываясь с Mdm2, ARF ингибирует его убиквитинлигазную активность, что приводит к стабилизации р53 (Рис. 10).

Для установления роли ARF в регуляции опухолевого супрессора р 53 при ингибировании III комплекса ДЦ митохондрий, мы обрабатывали клетки RKO и А миксотиазолом и анализировали уровень белка ARF с помощью иммуноблота. В обеих клеточных линиях уровень белка ARF был недетектируем как при отсутствии, так и при суперпродуцирующих ARF вследствие экспрессии онкогенов HPV E6 и E7, добавление миксотиазола приводило даже к небольшому снижению уровня ARF, а не к его увеличению (Рис. 12).

Рис.12. Оценка уровня ARF с помощью иммуноблота в лизатах клеток RKO, HeLa и А549, инкубированных с 2 мкМ миксотиазола в течение 18 часов (MXT) или в течение часов (MXT+), и в лизатах необработанных клеток (С). На приведенном иммуноблоте верхняя панель с антителами к ARF, а нижняя – с антителами к актину.

Таким образом, функция белка ARF, по-видимому, не вносит вклад в индукцию р при ингибировании III комплекса ДЦ митохондрий.

Б) Путь убиквитин-независимой деградации р 3.3 NQO1 и NQO 2 участвуют в стабилизации р Помимо убиквитин-зависимой деградации р 53 в 26S протеосомах, опосредуемой Mdm2, в клетке существует также система убиквитин-независимой деградации р 53 в 20S протеосомах, включающая в себя два белка, хинон-оксидоредуктазы NQO1 и NQO2 (Рис.

10).

NQO1 и NQO2 – это цитоплазматические белки, катализирующие метаболизм хинонов.

Они присутствуют во всех типах тканей; гены NQO1 и NQO2 индуцируются наряду с целым набором защитных генов в ответ на такие стрессы, как действие ксенобиотиков, антиоксидантов, оксидантов, тяжелых металлов, УФ света и ионизирующей радиации.

Координированная индукция этих генов обеспечивает защиту клеток от повреждений свободными радикалами, окислительного стресса и неоплазии.

Известно, что NQO1 и NQO2 напрямую взаимодействуют с р 53, защищая его от убиквитин-независимой деградации в 20S протеосомах.

ингибитором NQO1. Дикумарол конкурирует с NAD(P)Н за связывание с NQO1 и препятствует переносу электронов на FAD. Кроме того, дикумарол разрушает связь NQO1 с р53, что приводит к убиквитин-независимой деградации р53.

ингибитором NQO2 c Kd 35 нМ.

Специфические ингибиторы NQO1 и NQO2, дикумарол и резвератрол, соответственно, связываясь в активных центрах этих белков, ингибируют взаимодействие NQO1 и NQO2 с р53. Чтобы проверить, влияют ли дикумарол и резвератрол на аккумуляцию и активацию р53, вызванные миксотиазолом, клетки линии RKO обрабатывали 2 мкМ миксотиазола в течение 12 часов, причем на последние 4 часа к клеткам также добавлялся 300 мкМ дикумарол, а на последние 10 часов – 50 мкМ резвератрол (Рис. 13, А). Время обработки и концентрации дикумарола и резвератрола были подобраны так, чтобы избежать неспецифической активации р 53, так как известно, что в высоких концентрациях и при длительных инкубациях дикумарол и резвератрол вызывают активацию р 53 из-за ингибирования дыхательной цепи митохондрий, вызывая накопление активных форм кислорода.

Как видно из результатов, представленных на рисунке 13А, к ак резвератрол, так и дикумарол существенно снижают аккумуляцию р53 в клетках линии RKO под действием миксотиазола. Кроме того, обработка клеток линии HeLa, данными ингибиторами приводит к значительному снижению транскрипционной активности р 53 под действием миксотиазола (Рис. 13, Б). Данные результаты позволяют предполагать, что NQO1 и NQO участвуют в аккумуляции р53 при ингибировании III комплекса цепи переноса электронов.

Рис. 13. Обработка ингибитором NQO1 дикумаролом и ингибитором NQO резвератролом снижает аккумуляцию и активацию р 53 при действии миксотиазола.

А) Совместная обработка клеток линии RKO 2 мкМ миксотиазола (MXT) в течение часов с ингибиторами NQO1 и NQO2 (инкубация с 300 мкМ дикумарола (DCM) в течение часов, и инкубация с 50 мкМ резвератрола (RSV) в течение 10 часов) приводит к значительному снижению аккумуляции р 53 по сравнению с аккумуляцией под действием миксотиазола. Б) Транскрипционная активность р53 в клетках линии HeLa, обработанных 2 мкМ миксотиазола (MXT), 300 мкМ дикумарола (DCM) и 50 мкМ резвератрола (RSV).

Дикумарол и резвератрол значительно подавляют активацию р 53 под действием миксотиазола.

Однако, так как дикумарол и резвератрол могут иметь какие-то другие активности, помимо ингибирования NQO1 и NQO2, необходимо было проверить это предположение альтернативными методами.

Для того, чтобы тестировать влияние подавления экспрессии NQO1 и NQO2 на аккумуляцию р 53 при ингибировании III комплекса ДЦ митохондрий, были получены линии клеток RKO со специфичной к NQO1 и NQO2 РНК-интерференцией.

Для получения клеточных линий, экспрессирующих интерферирующие РНК (shRNA) к NQO1 и NQO2, клетки-упаковщики HEK293T были трансфицированы лентивирусными конструкциями, кодирующими соответствующие shRNA, и упаковочными плазмидами, необходимыми для сборки лентивирусных частиц. Собранными из среды псевдовирусными частицами инфицировали клетки RKO. После короткой селекции на среде с пуромицином качество интерференции анализировали иммуноблотами со специфическими антителами к NQO1 и NQO2. Кроме того, анализировали изменение уровня р 53 при обработке этих и контрольных клеток миксотиазолом.

Оказалось, что нокдаун как NQO1 (Рис. 14, А), так и NQO2 (Рис. 14, Б ) приводит к частичному снижению аккумуляции р 53 под действием миксотиазола по сравнению с аккумуляцией р53 в контрольных клетках.

Рис. 14. А. Интерференция РНК NQO1 приводит к частичному снижению аккумуляции р53 при ингибировании III комплекса ДЦ. Б. Интерференция РНК NQO2 приводит также к частичному снижению аккумуляции р 53 под действием миксотиазола (MXT). В обоих случаях, в качестве контроля использовали клетки, инфицированные пустым интерференционным вектором, обработанные миксотиазолом в концентрации 2 мкМ.

Полученные результаты свидетельствуют о том, что NQO1 и NQO2 вносят вклад в стабилизацию р53 при ингибировании III комплекса ДЦ митохондрий.

4. Ингибирование III комплекса ДЦМ приводит к р53-зависимому апоптозу Далее мы исследовали биологический эффект индукции р53 при ингибировании III комплекса ДЦ митохондрий. Активация опухолевого супрессора р 53 может приводить к остановке клеточного цикла, апоптозу или клеточному старению (сенесенсу). Мы проследили за судьбой клеток HCT116 дикого типа (HCT116 wt), обработанных миксотиазолом. Цитометрический анализ клеток, окрашенных пропидий иодидом (PrI) и Аннексином-V спустя 20 часов после добавления миксотиазола, выявил значительную популяцию аннексин-положительных клеток (Рис. 15 а, б). В целом, мы наблюдали три популяции клеток: популяцию нормальных клеток (аннексинV-отрицательные, PrIотрицательные), популяцию апоптотических клеток (аннексинV-положительные, PrIотрицательные, которые составляли примерно 25-30% от всех клеток) и третью, небольшую популяцию мертвых клеток (аннексинV-положительные, PrI-положительные, которые составляли 3-25% от всех клеток) (Рис.15 е, ж).

Некоторые дополнительные данные говорят в пользу апоптотической природы клеточной смерти после обработки клеток миксотиазолом. Во -первых, в этих клетках происходит активация каспаз. В частности, с помощью иммуноблота в клеточных экстрактах был детектирован процессинг прокаспазы-3 и -7 (Рис. 15 л, м). Ингибитор каспаз с широким спектром действия, zVAD-fmk, в значительной степени снизил уровень гибели клеток под действием миксотиазола (в частности, значительно снизил число открепившихся от подложки клеток) и полностью предотвратил процессинг прокаспазы-3 и -7 (Рис. 15 л, м). Процент аннексин-положительных клеток снижался до уровня контроля, когда клетки обрабатывали миксотиазолом вместе с zVAD-fmk по сравнению с клетками, инкубированными только с миксотиазолом (Рис. 15 а-в, е-з).

Далее мы проверили р53 -зависимость апоптоза, вызванного миксотиазолом.

Сравнивали уровни апоптоза в клетках линий HCT116 дикого типа (HCT116 wt) и нокаутных по р53 (HCT116 p53-/-) после обработки этих клеток миксотиазолом. Интересно отметить, что миксотиазол-индуцированный апоптоз значительно подавлялся в клетках HCT116 p53-/- (Рис.15 г, д). С другой стороны, процент аннексинV-положительных, PrIположительных (некротических) клеток был практически одинаков среди HCT116 wt и HCT116 p53-/- клеток, обработанных миксотиазолом (3,34% и 3,24%, соответственно, Рис.

15 ж, к). И наконец, процессинг прокаспазы-7 в клетках HCT116 wt, обработанных миксотиазолом, был значительно более выраженным, чем в клетках HCT116 p53-/-, как видно из результатов иммуноблота (Рис.15 м).

Полученые данные свидетельствуют о том, что в ответ на ингибирование III комплекса ДЦ митохондрий происходит индукция р53-зависимого апоптоза.

Рис. 15. Миксотиазол стимулирует р53 -зависимый апоптоз. (а-к) Оценка апоптоза с помощью проточной цитометрии в клетках HCT116 wt и p53-/-, необработанных (контроль) или инкубированных с 2 мкМ миксотиазола или с 2 мкМ миксотиазола + 100 мкМ zVADfmk в течение 20 часов. Клетки были окрашены аннексиномV (FL1) и пропидий иодидом (FL3). Указан процент аннексинV-отрицательных (RN1), аннексинV-положительных (RN2) и аннексин V-положительных, PrI-отрицательных (Q4) клеток. (л) Анализ процессинга прокаспазы-3 с помощью иммуноблота в клетках HCT116 wt, обработанных 2 мкМ миксотиазола или/и 100 мкМ zVAD-fmk, как указано на рисунке. Приведен иммуноблот с антителами к каспазе-3. (м) Анализ процессинга прокаспазы-7 с помощью иммуноблота в клетках HCT116 wt и p53-/-, обработанных 2 мкМ миксотиазола или/и 100 мкМ zVAD-fmk, как указано на рисунке. На приведенном иммуноблоте верхняя панель с антителами к каспазе-7, а нижняя – с антителами к актину.

Таким образом, в ходе данного и сследования мы блокировали работу каждого из комплексов ДЦ и следили за уровнем и активностью р 53. Нам удалось показать, что ни снижение митохондриального мембранного потенциала, ни нарушение в целом работы дыхательной цепи не приводит к индукции р 53. Однако активация р 53 и запуск р53 зависимого апоптоза происходят специфически в ответ на ингибирование III комплекса ДЦ митохондрий, что вызвано нарушением работы функционально сопряженного с ним фермента пути биосинтеза пиримидинов, дигидрооротат дегидрогеназы (ДГОДГ). Мы показали, что возникающий таким образом недостаток пиримидинов является причиной индукции р 53 в ответ на ингибирование III комплекса ДЦ. В итоге, нам удалось обнаружить ранее неизвестную функциональную связь между митохондриальным дыханием и опухолевым супрессором р 53, а также обнаружить участие NQO1 и NQO2 в стабилизации и накоплении р53 в ядрах эпителиальных клеток с нарушенным биосинтезом пиримидинов.

ВЫВОДЫ

1. Ингибирование III комплекса дыхательной цепи митохондрий, но не I, II или IV комплексов, приводит к увеличению уровня и активности опухолевого супрессора р53 в различных линиях эпителиальных раковых клеток человека.

2. Причиной индукции р 53 в ответ на ингибирование III комплекса ДЦ митохондрий является нарушение работы DHODH и пути биосинтеза пиримидинов.

3. В стабилизацию р 53 при ингибировании III комплекса ДЦ вносят вклад хинон оксидоредуктазы NQO1 и NQO2.

4. В ответ на ингибирование III комплекса ДЦ митохондрий происходит индукция р53зависимого апоптоза.

СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

1. Khutornenko A.A., Roudko V.V., Chernyak B.V., Vartapetian A.B., Chumakov P.M., Evstafieva A.G. Pyrimidine biosynthesis links mitochondrial respiration to the p pathway. // Proc Natl Acad Sci U S A. 2010. V. 107(29). P. 12828-33.

2. Khutornenko A.A., Dalina A.A. and Evstafieva A.G. Pyrimidine nucleotide biosynthesis impairment after mitochondrial cytochrome bc1-complex inhibition leads to p53 activation and p53-dependent apoptosis. // FEBS Journal. 2011. V. 278 (Suppl 1). P.

«Ломоносов-2008». Сборник тезисов. СЕКЦИЯ "Биоинженерия и биоинформатика".

Подсекция "Биоинженерия". 8-11 апреля 2008. С. 56.

опухолевого супрессора р 53 при ингибировании III комплекса дыхательной цепи митохондрий. // XVI Международная конференция студентов, аспирантов и молодых Подсекция "Биоинженерия". 14-17 апреля 2009. С. 25.

Хуторненко А.А., Рудько В.В., Далина А.А., Евстафьева А.Г. Падение уровня пиримидинов – причина активации онкосупрессора р 53 при ингибировании III комплекса дыхательной цепи митохондрий. // 14 международная пущинская школаконференция молодых уч еных “Биология –наука XXI века”. Сборник тезисов.

Секция “Молекулярная биология”. 19-23 апреля 2010. С. 196.

Хуторненко А.А. И зучение влияния ингибиторов дыхательной цепи пиримидинов и опухолевый супрессор р53. // IV Международная школа по молекулярной генетике “Геномика и биология клетки”. Сборник тезисов. 29 ноябрядекабря 2010. С. 209-210.