[ ПЕРВАЯ ЛЕТНЯЯ ШКОЛА ПО БИОИНФОРМАТИКЕ: ИТОГИ ОРГАНИЗАТОРЫ
Институт биоинформатики
Открытие Летней школы и выступление ключевых спикеров (29 июля): Биологический
факультет МГУ, Москва.
Основная программа (30 июля - 4 августа): гостиничный комплекс "Менделеево", Программа GameChangers
Московская область.
Участники школы:
Санкт-Петербургский Академический студенты и аспиранты, изучающие биоинформатику;
университет РАН студенты старших курсов и аспиранты математических, технических и биологических специальностей, интересующиеся биоинформатикой и желающие развиваться в этой области.
Основные задачи школы: Институт проблем передачи информации предоставить участникам наиболее актуальные знания по биоинформатике РАН соразмерно с их текущей компетентностью;
дать биологам, программистам и математикам базовые знания по ключевым для области биоинформатики, но непрофильным предметам (т.е. программированию или биологии соответственно);
Факультет биоинженерии способствовать популяризации наиболее перспективных областей и биоинформатики МГУ биоинформатики;
способствовать междисциплинарному общению и созданию совместных проектов;
способствовать популяризации технологического предпринимательства в сфере биоинформатики и биотехнологий.
ФАКТЫ ПАРТНЕРЫ
Фонд некоммерческих 6 дней 21 спикер 2 потока программ «Династия»Российская Венчурная 57 часов лекций и семинаров компания Российский фонд фундаментальных 403 уникальные 100 участников исследований заявки школы Компания Поток JetBrains Поток 125 информатиков биологов Поток биологов Компания
BIOCAD
Компания ГЕОГРАФИЯ "Диаэм" Большая часть участников Летней школы проживают в Москве и Санкт-Петербурге. Однако Компания география участников весьма обширна: от Нижнего Новгорода до Киева и Минска и от LifeTechnologies Екатеринбурга до Красноярска.
НАУЧНАЯ ПРОГРАММА ПРОГРАММНЫЙ КОМИТЕТ
Николай Вяххи (СПбАУ РАН) Основные секции:Биоинформатика для информатиков и математиков – интенсивные курсы по молекулярной биологии, биотехнологиям, анализу данных NGS.
Биоинформатика для биологов – интенсивные курсы по программированию, Михаил Гельфанд (ИППИ РАН, анализу данных NGS и биотехнологиям для биологов. МГУ) Общие лекции – серия совмещенных семинаров по самым различным темам биоинформатики.
Александр Куликов (ПОМИ За время школы участники освоили широкий спектр тем от анализа данных секвенирования РАН) геномов и транскриптомов до особенностей репрограммирования соматических клеток, от обзора биотехнологий до этапов развития мозга, а также от основ программирования и молекулярной биологии до анализа регуляции генов.
Алла Лапидус (Центр геномной биоинформатики СПбГУ, СПбАУ РАН) Павел Певзнер (University of California San Diego, СПбАУРАН)
ПРОГРАММА ШКОЛЫ
МГУ, Москва, ул. Ленинские Горы, ГСП-АНДРЕЙ ПРЖИБЕЛЬСКИЙ,СПбАУ РАН
микроэволюции АЛЕКСЕЙ КОНДРАШОВ, UniversityofMichigan, МГУ12:00 Introduction to RNA-sequencing, ауд.
12:30 Генетическое репрограммирование соматических 310. НАТАЛЬЯ ВОЛОДИНА, ауд. 301. АЛЕКСЕЙ СЕРГЕЙ КИСЕЛЕВ, ИОГен РАН 15:00 Sequencing the Human genome as a tool for refinement для информатиков, ауд. программирование, 16:30 Кофе-брейк 17:00 Brain development and aging ФИЛИПП ХАЙТОВИЧ, Shanghai Institutes for Biological 16:30 Software development for Simple ways to analyze 18:30 Автобус в пансионатАРТЕМ ШАХБАЗЯН, ВЛАДИСЛАВ МИЛЕЙКО, БФК "СЕВЕРНЫЙ"
10:00 Сборка и аннотация больших геномов, ауд. 310 10:00 Обзор биотехнологий, ауд. 310 10:00 Динамика синтетических сетей генной регуляции, ауд.11:30 Кофе-брейк 12:00 Медицинская биоинформатика — настоящее и регуляции генов, ауд.
МИХАИЛ ИВАНЧЕНКО,ННГУ
13:30 Обед 16:00 Кофе-брейк 18:00 Ужин ПРЖИБЕЛЬСКИЙ,СПбАУ РАН биоинформатики СПбГУНАТАЛЬЯКУЗНЕЦОВА,СПбАУРАН
НАТАЛЬЯ КУЗНЕЦОВА,СПбАУ РАН
1 августа, четверг, 14:30–18: Характеристика новых литических бактериофагов термофильной бактерии Thermus thermophilus АННА ЛОПАТИНА, Институт биологии гена РАН Изучение генома волосатика Gordionus alpestris с использованием технологии полногеномного секвенирования БОРИС ЕФЕЙКИН, Институт проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова РАН Сравнительный анализ микробиоты основных типов почв России с использованием пиросеквенирования гена 16S рРНК ЕВГЕНИЙ ЧИРАК, Институт сельскохозяйственной микробиологии РАСХН Сравнительная геномика штаммов Bifidobacterium longum, колонизирующих кишечник человека АНДРЕЙ ЧАПЛИН, ГБОУ ВПО РНИМУ им. Н. И. Пирогова, кафедра микробиологии и вирусологии Прионный переход белка Sfp1 дрожжей Saccharomyces cerevisiae не приводит к его инактивации ПОЛИНА ДРОЗДОВА, СПбГУ, кафедра генетики и биотехнологии Поиск и подтверждение целевых генов интерферона альфа НИКОЛАЙ МАРКАДЕЕВ, КНУ им. Тараса Шевченко Исследование репертуара TCR монозиготных и дизиготных близнецов Погорелый Михаил Валерьевич, ИБХ РАН Кофе-брейк Анализ нуклеотидных последовательностей гена COI митохондриальной ДНК полосатой камбалы Liopsetta (Pleuronectes) pinnifasciata и полярной камбалы Liopsetta (Pleuronectes) glacialis Охотского моря НАДЕЖДА ПОТАПОВА, Северо-Восточный государственный университет (г. Магадан), факультет естественных наук и математики, кафедра биологии и химии Популяционная генетика сахалинского тайменя Parahucho perryi АНДРЕЙ ЮРЧЕНКО, Институт Общей Генетики им. Вавилова РАН О статистическом анализе данных гибридизационных ДНК-микрочипов при исследовании радиационно-индуцированной динамики транскриптома раковых клеток K562, Me45 и HCT АЛЕКСАНДР БЫЗЫКЧИ, Ульяновский государственный университет Распределенные синтетические генные осцилляторы ТАТЬЯНА ЛАПТЕВА, Нижегородский государственный университет им. Н.И. Лобачевского Анализ генетических последовательностей и подход к организации базы данных по мутациям лекарственной устойчивости в контексте терапии туберкулёза РОМАН СЕРГЕЕВ, ОИПИ НАН Беларуси Биоинформатика в разработке лекарственных средств: система автоматической обработки иммуноглобулиновПАВЕЛ ЯКОВЛЕВ, СПбАУ РАН
МАТЕРИАЛЫ ШКОЛЫ
Институт биоинформатики выступает за формирование открытой базы знаний по биоинформатике.Слайды лекций доступны на сайте школы: http://bioinformaticsinstitute.ru/summer2013/materials Видеозаписи лекций доступны для открытого просмотра на YouTube канале Bioinforussia1: http://youtube.com/user/bioinforussia Раздел будет пополняться по мере готовности смонтированных лекций.
ОРГАНИЗАЦИОЙ КОМИТЕТ
Екатерина Чайкина – общая координация Николай Вяххи – научная программа школы школы, вопросы сотрудничества Ярослав Баранов – волонтер Кирилл Григорьев – волонтерПОДДЕРЖКА ЧАСТНЫХ ЛИЦ
Отдельно организаторы хотели бы поблагодарить тех, кто поддержал проект школы на платформе Boomstarter. Летняя школа по биоинформатике стала одним из первых успешных российских экспериментов по сбору средств на научно-образовательные проекты в формате краудфандинга.
«